Makuta Teridax menaçait les Matoran avec des Rahi portant des Kanohi Infectés pendant les derniers 999 ans. Un Tarakava avec un Kanohi Infecté attaqua Ga-Koro et força Turaga Nokama et tous les Ga-Matoran sauf deux à se cacher dans la même hutte. Une des Matoran essaya d'attaquer le Tarakava, mais fut repoussée dnas la même hutte. L'autre, Macku, s'échappa dans son Bateau. Ensuite, le Tarakava endommagea le système de flottaison de la hutte, la faisant couler dans la mer.
Alors qu'il s'amusait à faire des acrobaties, Lewa fit accidentellement tomber un Taku de son nid. Soudain, une bourrasque de vent l'emporta, jusqu'à ce que Lewa l'attrape. En le remettant dans son nid, Lewa se rendit compte qu'il contrôlait l'Air.
Pendant qu'elle nageait, Gali vit un banc de poissons et d'autres Rahi qui s'enfuyait. Se demandant pourquoi, elle se dirigea vers une grande étendue de corail, et y découvrit un grand Tarakava infecté qui l'attaqua immédiatemment. Gali commença à utiliser les coraux comme protection, mais ne pouvait pas supporter de le voir détruit par les attaque du Rahi. Elle essaya de s'éloigner de son abris, mais elle n'était pas assez rapide. Soudain, une grande vague géante l'emporta jusqu'à la côte. Après cette expérience, elle se rendit compte qu'elle contrôlait l'Eau.
Pendant qu'il creusait dans la Terre, Onua trouva une gravure des autres Toa avec lui. Continuant à creuser, il arriva dans un domaine Onu-Matoran. Après avoir erré dedans, il rencontra Onepu, qui fit venir Whenua rapidement. Whenua lui expliqua la destinée des Toa Mata, et lui dit que les Toa devraient collecter les Kanohi cachés sur l'île.
Kopaka, Toa de la Glace, explorait Ko-Wahi quand il remarqua Matoro qui l'espionnait. Après une brève poursuite, Kopaka piégea le Matoran dans une pente de glace. Le Toa lui posa des questions sur sa mission et la raison pour laquelle il se trouvait sur l'île. Ils furent attaqués par un Nui-Rama, et Kopaka réussit à empêcher Matoro de tomber d'une falaise pendant l'escarmouche. Matoro emmena Kopaka voir Turaga Nuju, qui lui parla des divers masques Kanohi cachés sur l'île. Ensuite, Nuju lui dit que le premier d'entre eux se trouvait à l'endroit où on voyait loin.
Pohatu avait été chaleureusement accueilli par les Po-Matoran. Maintenant, Turaga Onewa avait envoyé Pohatu cherché les Kanohi cachés. Décidant de tester son pouvoir de masque actuel, le Toa se dépêcha de Le-Wahi à la région glaciale de Ko-Wahi. Il explora la zone, tout en se demandant ce qui l'attendait.
Tahu se réveilla, et se reconstruisit, ne remarquant pas le corps inconscient de Takua qui se trouvait sur la plage. Il se sentait faible et n'avait plus aucun souvenir. Récupérant une épée qui se trouvait au sol près de lui, il échoua à découvrir si elle avait une quelconque importance et la jetta de côté, frustré. Trouvant un Masque au sol, le Toa le mit, et récupéra le flux normal de son énergie élémentaire. Reprenant l'épée, il activa sa flamme. Sentant une incroyable chaleur à proximité, il commença à se diriger vers celle-ci, le village de Ta-Koro.
Takua eut un rêve détaillant la Légende de Mata Nui. Une fois revenu à lui, il examina le Canister Toa de Tahu, interloqué. Incapable de se situer parce qu'il avait perdu la mémoire, l'Av-Matoran suivit les traces de pas s'éloignant du Canister. Après une courte marche, Tahu entendit son approche et se retourna pour le voir avant de continuer silencieusement. Takua essaya de le poursuivre, mais il fut arrêté par un flot de lave venant du volcan. Le Toa le passa sans problème. Retournant à la plage, Takua découvrit une sculpture en pierre et commença à l'étudier.
Tahu marchait dans la Foret Brulée de Ta-Wahi quand il rencontra la Garde de Ta-Koro, menée par Jaller, qui le piégea dans un piège à Rahi par erreur. La Garde courrut vers la cage, prêt à attaquer, mais Tahu sortit son épée et détruisit le piège sans problème. Turaga Vakama vit ce qu'il se passait, et intervînt. Il accueillit le Toa du Feu, tout comme la Garde de Ta-Koro, qui s'était rendu compte que Tahu était un allié providentiel.
Abandonnant sa recherche d'une entrée dans la tête sculptée, Takua remarqua quelqu'un qui arrivait en bateau - une Ga-Matoran à l'armure bleue. Elle se tenait sur la plage près de son bateau. Lorsque Takua alla à sa rencontre, il apprit qu'elle était Macku de Ga-Koro. Elle voulait trouver Gali, son village ayant des problèmes à cause d'une attaque de Tarakava récente. Elle demanda de l'aide à Takua, et il accepta. Pendant que Macku recherchait Gali à pied, Takua fit voile vers Ga-Koro.
Pohatu s'écrasa contre Kopaka, causant une avalanche qui enterra le Toa de la Glace. Après l'avoir libéré, Pohatu se présenta et Kopaka accepta avec réticence que le Toa l'accompagne. Après que Kopaka ait trouvé un Hau à l'Endroit Où On Voit Loin, il utilisa son Akaku et remarqua les autres Toa près du Mont Ihu. Ils commencèrent à se diriger vers cet endroit, mais furent attaqués par un Kane-Ra infecté. Pohatu glissa, et le Kane-Ra le chargea. Kopaka réussit à récupérer Pohatu et passer par-dessus une falaise. Le Rahi essaya de sauter, mais tomba. Sachant qu'il s'échapperait en quelques instants, Pohatu lança de nombreux rochers dans la crevasse, mais tous manquèrent le Kane-Ra. Pohatu enfonça ses poings dans le sol, faisant trembler le sol, et le Rahi tomba, enterré. Les deux Toa se dépêchèrent de partir, sachant qu'il se libérerait rapidement.
Les Toa tinrent une réunion sur les falaises du Mont Ihu, où ils parlèrent et firent connaissance, discutant de leurs pouvoirs et de ce qu'ils avaient fait. Cependant, ils passèrent rapidement du passé au futur, s'informant sur ce qu'ils avaient appris sur Makuta Teridax, les Rahi, et les Villages. Les Turaga leur avaient dit qu'ils devaient trouver les Masques Kanohi, des objets de grand pouvoir, pour vaincre Teridax. Bien que Tahu et Onua étaient pour rester ensemble, ils se séparèrent, même Gali était trop distraite, n'ayant pas enore visité son propre village. Un grand tremblement de terre les interrompit, et le sol se sépara, la pluie tombant autour d'eux. Les Toa se rendirent compte que Teridax était à l'origine de cela, et reprirent immédiatemment leur recherche des masques.
Par la suite, Lewa sauva Gali d'une attaque de Rahi. Peu après, il partit chercher ses masques restants, pendant que Gali retournait dans les eaux pour trouver son propre village. Soudain, elle fut attaquée par un autre Tarakava. Gali réussit à piéger le Rahi dans une grotte sous-marine en utilisant sa propre agilité contre lui.
Takua entra dans Ga-Koro, passant par une porte qui était spécialement conçue pour garder les Rahi à l'extérieur. Le village de Ga-Koro était désolé et abandonné. Il semblait que les villageois avaient disparu. Pendant qu'il enquêtait dans le village, il découvrit des huttes éventrées, des nénuphars flottants endommagées, et des outils brisés. Il découvrit une pompe qui était attachée à un nénuphar qui était attaché à un nénuphar flottant coulé mais scellé. Takua fit du bruit en l'examinant, et les Ga-Matoran se rendirent compte de sa présence. Turaga Nokama dit à Takua de prendre la Pierre à Lumière dans sa hutte, et de l'utiliser pour trouver la pièce de la pompe manquante.
Takua plongea dans l'eau par un trou dans une des huttes proches. Sous l'eau, il découvrit Nokama, la Turaga de Ga-Koro, et les Ga-Matoran, piégés dans une hutte coulée. Suivant les ordres de Nokama, Takua découvrit un petit rouage posé sur des coraux, s'aidant de la Pierre à Lumière pour le trouver. Ensuite, il refit surface et remit le rouage sur la pompe. La pompe reprit vit, et le nénuphar remonta à la surface.
La libération de la Turaga et des Matoran avait attiré de nouveau le lézard Tarakava qui avait attaqué Ga-Koro à l'origine. Émergeant des eaux, il se jetta sur le groupe, mécontent que ses proies aient été libérées. Le Rahi allait frapper quand Gali arriva et intervînt. La Toa de l'Eau combattit bravement le Tarakava, et sauta sur son dos. Pour essayer de l'attraper, le Tarakava se jetta dans l'eau avec Gali. Les villageois retinrent leur souffle, et, après un moment, Gali émergea, victorieuse, un masque infecté dans un de ses Crochets.
Tahu était très en colère à cause de la désunion des Toa, et manqua de brûler Jaller, qui essayait de le trouver. Jaller lui dit que le Kanohi Akaku, le Grand Masque de la Vision aux Rayons X, se trouvait dans la caverne la plus profonde d'Onu-Wahi, une séries de grottes sombres et profondes sous Mata Nui. Tahu explora Onu-Wahi, et arriva dans une grande caverne, avec une fosse profonde au milieu, et un long pont qui menait à l'endroit où se trouvait le masque. Tahu commença à traverser le pont, mais des douzaines de scorpions Kofo-Jaga l'attaquèrent. Tahu essaya de les brûler, mais ils devinrent plus fort avec la chaleur et commencèrent à le surpasser, presque tous étant attachés à son corps. Pensant rapidement à Lewa, Tahu commença à tournoyer autour du pont étroit. Les Rahi ne purent pas tenir longtemps et tombèrent dans le précipice. Tahu re-sauta sur le pont, un seul Kofo-Jaga étant toujours attaché à son corps. Il enleva facilement la créature, mais remarqua le Kanohi Infecté sur son corps. Tahu enleva le masque, et le Kofo-Jaga, libéré de Teridax, s'échapper, sain et sauf. Tahu ne comprit pas immédiatemment la signification de cela, et un grand coup de vent fit s'échapper le masque de ses mains, manquant de faire tomber l'Akaku dans le précipice avant qu'il ne puisse le récupérer.
AUtre part, Lewa avait plongé sous l'eau pour récupérer son Masque de Vitesse après avoir récupéré un Pakari gardé par de nombreux Rahi infectés. Il vainquit un Nui-Jaga qui bloquait l'entrée d'une grotte, mais fut presque noyé par des plantes contrôlées par Teridax. Cependant, il réussit à récupérer le Kakama.
Pendant ce temps, Gali récupérait son Miru, mais la montagne sur laquelle elle se trouvait s'effondra. Ensuite, elle se retrouva face à deux Nui-Jaga et deux Tarakava.
À Le-Wahi, un Nui-Rama enleva le masque de Lewa et il tomba entre les mâchoires d'un puissant tigre Muaka. Le Toa de l'Air manqua d'être écrasé, mais Onua la sauva.
Gali, surpassée par les Rahi, fut secourue par l'apparition soudaine de Tahu, mais elle fut frappé par un Tarakava et s'évanouit dans les vagues, où elle eut une vision des Toa Kaita, Akamai et Wairuha.
Peu après, Takua parla à Turaga Nokama et Nixie l'Astrologue, et fut remercié pour ses actes de bravoures. Takua remarqua que les bateaux étaient réparés et prêts à appareiller. Il prit un bateau pour retourner à Ta-Wahi, où il inspecta le Grand Télescope. Après cela, il se rendit de nouveau à Ta-Koro, où le flot de lave avait disparu, et il parla à Jaller et Turaga Vakama, qui lui parlèrent de l'arrivée de Tahu. Pendant le temps qu'il passa dans le village, une planche à lave lui fut donnée par un Ta-Matoran. Après avoir traversé la Foret Brulée et parler à Kapura, il retourna à Ga-Koro.
Là, il demanda à se rendre à Po-Wahi. Après avoir traversé le vaste désert, il attînt le village de Po-Koro. Takua prit connaissance de la maladie qui rôdait et dont la cause était inconnue. En explorant le village, Takua découvrit un mystérieuse balle Kolhii et la rapporta à Turaga Onewa qui dit qu'elle était infectée. Après cela, Takua enquêta au stand du bazar qui les vendait et découvrit que leur vendeur avait disparu. Il découvrit une clé mystérieuse sous les balles Kolhii. Takua emporta la clé jusqu'à une carrière avec de grandes sculptures des masques des Toa Mata. Après avoir trouvé le bon trou sous les masques, il mit la clé dans l'emplacement pour ouvrir la porte et descendit les escaliers. En entrant dans la grotte, Takua découvrit un stock de balles de Kolhii avec un masque infectés pour contaminer les Comètes. Takua vit qu'un Nui-Jaga gardait les balles et le masque. Pohatu arriva dans la grotte, mais fut aveuglé par une attaque du Nui-Jaga. Takua guida POhatu pour qu'il envoie des balles Kolhii pour faire s'effondrer le nid. Ils réussirent et sortirent de la grotte juste avant qu'elle ne s'effondre.
Pohatu partit en le remerciant pour son aide, et Takua retourna à Po-Koro, et Turaga Onewa lui donna un burin. Les balles Kolhii furent prises par les Matoran et les Toa et ils les envoyèrent dans la mer, arrêtant l'épidémie. En montrant le burin à Turaga Nokama de Ga-Koro, il obtînt le poste de Chroniqueur et le Livre des Chroniques. Retournant dans le désert, Takua prit un autre chemin pour aller à Onu-Wahi.
Kopaka partit chercher son Pakari sur une île au centre d'un lac de lave. Après avoir atteint l'île par une chute gelée, il essaya de revenir par celle-ci, mais son Épée de Glace frappa la chute et détacha un bloc de glace. Celui-ci le frappa à la tête, et il fut assommé. Pendant qu'il était inconscient, Kopaka eut une vision où il voyait Kini-Nui du point de vue d'un oiseau et vit Akamai et Wairuha. Lorsqu'il se réveilla, la chute avait trop fondu pour qu'il puisse retourner de l'autre côté. En utilisant son nouveau Pakari, il essaya de sauter. Il échoua, mais Lewa le sauva. Kopaka pensa que sa vision venait de Teridax, étant donné qu'il s'était presque noyé.
Jaller, Hewkii, Macku, Onepu, Matoro, et Kongu essayèrent de faire venir Lewa et Kopaka à un Tournoi de Disques Bambous. Lewa et Kopaka refusèrent, et les Matoran rencontrèrent un Nui-jaga. Ils formèrent un Matoran Nui, et le vainquirent.
Ensuite, Lewa dit qu'Onua avait convié tous les Toa à une réunion près de l'endroit où il était arrivé. La rencontre fut tout d'abord interrompue par une éruption du Volcan Mangai, puis d'autres attaques de Rahi. Onua et Pohatu combinèrent leurs pouvoirs pour creuser une tranchée pour la lave, afin qu'elle ne pose pas de problèmes. Après que les Toa eurent gagné cette première bataille, ils décidèrent qu'ils devaient continuer à rechercher les masques, et approuvèrent de travailler en équipe.
Suivant les conseils de Midak, Takua utilisa Pewku, un Crabe Ussal, pour se rendre à Onu-Koro. Lorsqu'il entra dans la hutte de Turaga Whenua, il assista à une partie d'une réunion concernant les problèmes d'Onu-Koro. Lorsqu'il explora un tunnel qui débouchait dans une petit mine à Pierres à Lumière, il vit qu'il était rempli de lave sortant d'un tuyau. Malheureusement, les contrôles du tuyau se trouvaient de l'autre côté. Takua traversa la lave sur sa Plache à Lave, et résolut un petit puzzle pour permettre à la lave d'arrêter de s'écouler et à la lave déjà présente de refroidir. Après avoir reçu des remerciements de la part des travailleurs Onu-Matoran et avoir parlé à Turaga Whenua, il continua.
Dans la Grande Mine, les travailleurs d'Onu-Koro avaient des problèmes pour miner, ayant atteint une couche extrêmement dure. Takua décida d'enquêter sur cela. Rapidement, il alla à la rencontre du Chef Prospecteur de Minage et découvrit qu'il y avait une horloge solaire sur la couche de roche. Le Prospecteur de Minage demanda à Takua s'il connaissait un Astrologue, et il répondit que oui, une de Ga-Koro. Lorsqu'il entendit cette réponse, le Prospecteur donna une lettre pour l'Astrologue à Takua. Takua se rendit donc à Ga-Koro, où l'Astrologue, Nixie, regarda la lettre et donna un Gnomon à Takua, qui le mit sur l'horloge solaire. L'Astrologue dit à Takua d'utilisa une Pierre à Lumière pour faire mine qu'il était quatre heures.
Après un autre combat avec les Rahi, Gali, Onua, et Kopaka récupérèrent le Miru de Tahu sous l'eau, mais durent combattre et vaincre un Tarakava.
Takua prit un autre embrachement nommé Le-Wahi. Le tunnel était plein de Matoran travaillant à finir le tunnel vers Le-Wahi. Takua parla à un Mineur qui rêvait de se rendre à Le-Wahi. Le Mineur, Taipu, en apprit un peu plus sur les minages Onu-Matoran et Onua à takua. Juste au moment où Taipu leva son marteau et frappa le mur, des rayons de lumière passèrent à travers. Ils avaient fini le tunnel. Taipu voulait se rendre à Le-Koro avec Takua, et celui-ci accepta. Ils partirent donc en exploration dans la jungle.
Mais lorsque Taipu sauta sur un rocher pour voir le village de Le-Koro, un Nui-Rama avec un masque infecté attrapa l'Onu-Matoran et l'emporta au loin. Inquiet, Takua continua jusqu'au village de Le-Koro, qu'il découvrit déserté. Takua trouva une flûte et commença à en jouer. Soudain, des Le-Matoran commencèrent à apparaître, sortant des buissons et des lianes.
Cependant, peu après que Takua ait parlé aux Matoran, un épais nuage noir de Nui-Rama commença à se former dans le nord. Les Le-Matoran commencèrent une contre-attaque sur leurs oiseaux Gukko. Kongu et Takua volèrent sur un oiseau Gukko, Ka, pour mener un assaut et sauver les Le-Matoran capturés et Turaga Matau. À l'aide de Disques Bambous, Takua aida en servant de co-pilote, frappant plusieurs Nui-Rama. Ayant dépassé les Nui-Rama, ils entrèrent dans le grand nid, mais tombèrent dans une embuscade et se retrouvèrent piégés avec le reste de leurs alliés. Là, Matau révéla à Takua que leur Toa, Lewa, avait été infecté par Teridax.
Par en haut, Toa Lewa sur un Nui-Kopen portant son Masque Kanohi approcha. Ses yeux vides et infectés recherchèrent dans toute la ruche lorsqu'un tremblement de terre la secoua et Toa Onua sortit d'un trou. Lewa vola vers lui, et ils commencèrent un combat acharné. Onua réussit finalement à enlever le masque infecté avec son Matatu, empêchant Teridax de contrôler Lewa. Ensuite, Onua utilisa les pouvoirs télékinésiques du masque pour récupérer le Kanohi de Lewa. Récupérant son masque, Lewa activa son Komau et prit le contrôle du Nui-Kopen pour qu'il aide à ramener les Le-Matoran à Le-Koro. Une fois arrivés, une grande fête eut lieu. Durant celle-ci, Takua parla à Turaga Matau et ce dernier lui donna une chanson pour flûte invoquant un Kewa ou un Kahu depuis n'importe quel endroit, pour qu'il puisse se rendre rapidement dans tous les villages.
Après cela, Takua retourna à Ta-Koro, juste au nord de Le-Wahi. Là, il parla avec Jaller, et reçut l'insigne de la Garde en se joignant à l'organisation, pour qu'il aille vérifier ce qui se passait à la Marche du Nord, où se trouvaient des éclaireurs de Ta-Koro. Takua marcha le long de Ta-Wahi et utilisa un téléphérique Matoran pour atteindre Ko-Wahi. Là, il découvrit un avant-poste Ta-Matoran vide, et prit une Pierre à Chaleur qui s'y trouvait. Takua alla ensuite dans les Chutes. Là, l'Av-Matoran découvrit un Ko-Matoran gelé. À l'aide de la Pierre à Chaleur, il le réchauffa. Le Ko-Matoran récupéra rapidement et regarda Takua pendant une seconde avant de s'enfuir. Takua le suivit rapidement et ils s'arrêtèrent dans une grotte de glace. Là, il découvrit que le Matoran s'appelait Kopeke, et que les éclaireurs avaient été entraînés dans les glaces par Teridax. Derrière la grotte, Takua découvrit un chemin vers Ko-Koro.
En arrivant à Ko-Koro, il alla dans le Sanctuaire, et commença à parler avec le Turaga de Ko-Koro, Turaga Nuju. Cependant, il ne comprenait pas ce que lui disait l'aîné, et un Ko-Matoran lui expliqua qu'il devait trouver Matoro, qui était le seul à pouvoir traduire Nuju. Cependant, le traducteur se trouvait dehors, dans les Chutes, à chasser. Takua décida d'aller le chercher malgré les avertissements des Ko-Matoran. Il retourna donc dans les Chutes, suivant les drapeaux rouges laissés par Matoro. Ce faisant, il croisa un rocher sur lequel était inscrit : « Attention à l'Essaim. » En face de celui-ci, Takua tomba à cause du froid et s'évanouit.
Plus tard, en retournant à Ko-Koro, Matoro trouva Takua et l'emmena dans un igloo. Peu après que Takua se soit réveillé, un faible grondement se fit entendre et Matoro assista à une bataille entre Kopaka et un Muaka. Kopaka réussit à se jouer de lui avec un Mahiki.
Ensuite, Kopaka et Matoro ramenèrent Takua à Ko-Koro. Il alla de nouveau voir Nuju, et, avec l'aide de Matoro, lui parla. Nuju lui donna une tablette à montrer aux autres Turaga pour qu'ils se préparent à une mission que les Toa allaient accomplir. Nuju lui donna également la tâche de former une Compagnie de Matoran de tous les villages pour protéger Kini-Nui pendant que les Toa seraient dans le repaire de Teridax.
Tahu, Gali, et Onua étaient, dans le même temps, à Le-Wahi, essayant de récupérer un Kakama qui se trouvait sur un arbre. Gali essaya d'utiliser son Miru pour l'avoir, mais Tahu réagit avant elle et mit l'arbre en feu, ne laissant que des cendres et le masque. Le feu commença immédiatemment à se répandre, mais Gali l'arrêta avec ses pouvoirs. Elle dit à Tahu que les oiseaux n'avaient plus de foyer grâce à lui, et partit, en colère.
Kopaka, Lewa, et Pohatu recherchaient un Kaukau pendant que Tahu, Gali, et Onua partaient à la recherche du dernier masque de Tahu. Lorsque Lewa et les autres découvrirent un des masques de Pohatu, Lewa suggéra de sauter par dessus un fossé pour le récupérer. Kopaka désapprouva fortement à cause des Nui-Jaga qui erraient dans la crevasse, mais Pohatu approuva le plan de Lewa. Avant que Kopaka ne puisse l'arrêter, le Toa de l'Air se lança, utilisant ses pouvoirs sur le vent pour le porter. Il récupéra le masque, et utilisa son Miru pour retourner aux côtés de ses frères.
Dans le même temps, Takua voyagea dans toute Mata Nui pour montrer la tablette aux Turaga. Après cela, il rassembla les Matoran choisis par les Turaga pour la bataille imminente : Kapura de Ta-Koro, Tamaru de Le-Koro, Kopeke de Ko-Koro, Macku de Ga-Koro, Hafu de Po-Koro, et Taipu d'Onu-Koro. Ensemble, ils se rendirent à Kini-Nui.
Les villages préparèrent leurs défenses, sachant qu'une grande quantité de Rahi les attaqueraient quand les Toa se trouveraient sous la surface de l'île.
À Kini-Nui, les Toa Mata placèrent leurs Kanohi sur leurs statues. L'ensemble des masques de chaque Toa se combina pour former un Kanohi Doré. Ces Kanohi contenaient les pouvoirs des six Grands Masques collectés par les Toa. Pendant la formation des Kanohi Dorés, ils reçurent une Pierre Makoki, un morceau d'une pierre circulaire nécessaire pour ouvrir le passage vers Mangaia, le repaire de Teridax. Ils restèrent à Kini-Nui pour se préparer une dernière fois avant de descendre pour vaincre Teridax. Là, ils discutèrent de leurs plans de bataille, et de la possibilité qu'il y avait qu'ils ne puissent pas revenir, Teridax allant sans doute envoyer ses Rahi attaquer Kini-Nui une fois qu'ils seraient en-dessous.
Quand la Compagnie arriva, les doutes des Toa disparurent. La Compagnie promit de protéger Kini-Nui et de s'assurer qu'aucun Rahi n'attaque les Toa pendant leur voyage. Avant le départ des Toa, Gali arrêta Takua et créa un lien mental avec lui pour qu'il puisse raconter la btaille contre Teridax si les Toa ne revenaient pas.
Pendant que les Toa descendaient, les Matoran attendirent un long moment. Rapidement, une horde de Rahi arriva. Les Matoran utilisèrent leurs disques pour repousser les Rahi, et entre les combats, Taku assista à la formation des Toa Kaita et leur bataille contre les Manas. Soudain, un grand groupe de divers types de Rahi approcha de Kini-Nui. Quand tout semblait perdu, une armée de Ta-Matoran apparut au nord, lançant une vague de disques vers les Rahi. Des oiseaux Gukko et des Onu-Matoran montés sur des Ussal commencèrent à voler dans les airs et à sortir du sous-sol, attaquant les Rahi. Une longue bataille s'ensuivit, mais Kini-Nui fut finalement sauf, et les légions de Rahi furent vaincues.
Une fois entré dans Mangaia, les Toa furent attaqués par deux crabes Manas, et commencèrent à les combattre, mais ils étaient moins forts que les Rahi. Gali et Kopaka se souvinrent de leurs visions et les six Toa fusionnèrent en deux Toa Kaita. Akamai était la fusion de Tahu, Pohatu, et Onua, tandis que Wairuha était la combinaison de Lewa, Gali, et Kopaka, ils représentaient respectivement la Valeur et la Sagesse.
Les Manas les attaquèrent, les Toa Kaita se révélèrent une fois de plus moins forts qu'eux. D'étranges tours se trouvaient dans la grotte, et lorsque chaque Toa Kaita en coupa une, la pièce se refroidit. Malgré les essais des Manas de garder les tours qui leur donnait vie, les Toa fusionnés continuèrent à détruire les structures. Finalement, ils se retrouvèrent dans le domaine de leur ultime ennemi, Teridax, et ils entrèrent dans la pièce. Les Toa Kaita furent séparés par son pouvoir de destruction, et les six Toa Mata se reformèrent.
Ensuite, Takua reçut un message de Gali, lui demandant d'assister à la bataille finale contre Teridax et de compiler les événements, car le lien allait être rompu. Takua apprit par un Matoran qui avait aidé à défendre Kini-Nui que Turaga Whenua le demandait. Il prit Pewku pour retourner à Onu-Koro.
Quand les Toa entrèrent dans la pièce principale, ils trouvèrent un vide immense qui semblait remplir la pièce. Soudain, la voix de Teridax résonna dans la pièce, se moquant des Toa et les ridiculisant. Quand la voix se tut, six formes ténébreuses apparurent en face des Toa, chacune d'entre elles correspondant à la forme d'un Toa. Les Toa commencèrent alors à combattre les Ombres de Toa. Même si les héros se battaient de leur mieux, ils commencèrent à s'affaiblir lentement. Quand les Toa se rendirent compte qu'ils ne pouvaient pas vaincre leur propre alter-ego ténébreux, ils comprirent que les ténèbres faisaient partie d'eux. Se faisant, les Toa ré-absorbèrent leurs alter-ego, les vainquant. Après cela, les Toa se rendirent au cœur du repaire de Teridax.
Turaga Whenua expliqua à Takua qu'il y avait un autre passage vers Mangaia : par la mystérieuse horloge solaire que Takua avait découvert. Takua remercia Turaga Whenua, puis se rendit dans la zone indiquée. À sa grande surprise, il remarqua que le Hau flottant avait disparu. Il toucha le pilier, et la plateforme commença à descendre. Rapidement, il attînt le fond d'une pièce sombre, où Takua découvrit les Manas désactivés, éparpillés dans la pièce. Il traversa silencieusement une grande porte ouverte qui brillait d'un vert inquiétant.
Les Toa entrèrent dans la pièce, et observèrent un vortex tourbillonant au centre de la pièce. Ils appelèrent Teridax, l'informant de leur arrivée, et il apparut. Les Toa furent abasourdis, observant un peitt être marchant vers eux. Un Matoran, endommagé, et rouillé, portant un Masque Infecté, marchait vers, les yeux blancs, et proclamant qu'il était ce qu'ils avaient juré de protéger.
Kopaka avertit Tahu que c'était une ruse, et après plusieurs commentaires de leur part, le Matoran révéla qu'il était Teridax. Quand son corps fut absorbé par le vortex, une sombre énergie s'en dégagea, et seul le Masque Infecté resta. Des tentacules commencèrent à essayer de saisir les Toa. Malgré tous leurs efforts, les Toa échouaient à repousser les attaques du Maître des Ombres. Lentement, le Makuta cessa ses attaques et observa ses adversaires fatigués et presque vaincus. Dans un dernier essai, les Toa joignirent leurs pouvoirs, invoquant tout ce qu'ils pouvaient. Instantanément, le vortex se brisa, et le masque infecté disparut après avoir avertit les Toa qu'ils ne pouvaient pas le détruire, car il n'était rien.
Lors de la défaite de Teridax, des bouts de métal faisant partie du vortex s'écrasèrent sur Takua. Des rayons d'énergie blanche téléportèrent les Toa à la surface de Mata Nui pendant que le Matoran isolé émergeait des débris.