Dans Karda Nui, le coeur de l'Univers Matoran, la Confrérie de Makuta envoya une équipe pour entamer un Siège de Karda Nui et de ses habitants Av-Matoran. La moitié de l'équipe, menée par Makuta Antroz, jeta des Capsules Tridax sur les villages, libérant des Sangsues de l'Ombre pour drainer la Lumière des Matoran et les transformer en Matoran de l'Ombre. Tandis que la moitié d'équipe d'Antroz corrompait les Matoran, l'autre moitié, menée par Makuta Krika, volait vers le marais pour que les Av-Matoran ne puissent pas s'échapper de Karda Nui. Les Makuta réussirent à corrompre les Matoran de tous les villages de Karda Nui, sauf un. Cependant, tandis qu'ils lançaient un raid sur le dernier village, Toa Mahri Matoro, portant le Kanohi Ignika, tomba par la chute d'eau de Karda Nui. Lorsqu'il mit le Kanohi, son utilisation inonda Karda Nui d'une lumière brillante, qui fit perdre la vue à Antroz, Chirox, et Vamprah. Les Av-Matoran, désormais menés par Tanma, saisirent leur chance d'attaquer les Makuta aveuglés, mais ceux-ci récupérèrent rapidement, utilisant trois Matoran de l'Ombre, Gavla, Kirop, et Radiak, comme 'yeux', par télépathie.

Tandis que Tanma, Solek, et Photok essayaient de battre en retraite vers le village, les Toa Nuva furent téléportés en plein milieu de la bataille par Artakha. Leurs nouvelles Armures Adaptatives se transformèrent afin d'aider les Toa à s'adapter aux cieux de Karda Nui, et leurs Armes Adptatives se transformèrent en de puissants canons et en armes de mêlée conçue pour le combat aérien. Rapidement, ils décidèrent d'aider les Matoran de Karda Nui, et les Toa volèrent vers la bataille. La bataille resta une impasse jusqu'à ce qu'Onua découvre que les Makuta étaient aveugles. Tahu créa donc une stratégie basée sur ce fait, qui demandait d'attaquer les Matoran de l'Ombre, pour les faire tomber du dos des Makuta. La stratégie fonctionna pendant un moment, ce qui permit aux deux camps de se regrouper et d'examiner les évènements récents.

Les Toa retournèrent à l'abri des Av-Matoran pour discuter de ce qui venait de se passer. Ils commencèrent à discuter de ce qu'avait découvert - ils étaient déjà venus à Karda Nui auparavant - ainsi que des souvenirs qui commençaient à ressurgir des esprits des Toa. Durant la conversation, Pohatu découvrit que les canons qu'Artakha leur avait donnés pouvait tirer de la lumière. Peu après, ils apprirent le destin de Matoro par Tanma, et apprirent aussi la possible localisation du Kanohi Ignika. L'équipe décida de se séparer. Une moitié de l'équipe, constituée de Tahu, Gali, et Onua, descendrait dans le marais pour rechercher le Kanohi Ignika, tandis que l'équipe de Kopaka - constituée de lui-même, Pohatu, et Lewa - restaient pour combattre les Makuta d'Antroz et défendre les Matoran.

À Metru Nui, Toa Takanuva marchait le long de la côte, pensant à la manière dont se seraient déroulés les choses s'il avait pu intervenir lors des évènements récents. Ensuite, Takanuva sentit quelque chose de sombre et d'étrange au fond de son esprit, ce qui, en fait, était le Chasseur de l'Ombre Dweller en train de fouiller son esprit. Cependant, utilisant les instructions que Turaga Onewa lui avait donné, il repoussa l'autre esprit et vit une image mentale de Dweller dans les Grandes Archives d'Onu-Metru et entendit les mots "Chasseur de l'Ombre" dans son esprit. Après avoir découvert qui était son assaillant, il courrut à Onu-Metru, mais il ne remarqua ni Makuta Icarax, qui lança une capsule Tridax, ni la Sangsue de l'Ombre qui en sortit et se prépara à l'attaquer. Juste à l'extérieur des Archives, la sangsue s'infiltra dans l'armure de Takanuva et commença à dévorer sa lumière. L'armure de Takanuva changea de couleur - de doré, elle devînt grise - tandis qu'il tirait avec un fin laser sur la sangsue, qui se montra prête à la recevoir, jusqu'à ce qu'il commence à se dissoudre. Ensuite, la sangsue se détacha de Takanuva et s'éloigna, mais Takanuva continua à tirer avec son laser jusqu'à ce que la sangsue tombe en cendres. Ensuite, Takanuva tomba dans l'inconscience à cause de la soudaine perte de sa lumière morale.

Tandis que l'équipe de Tahu plongeait dans les marais pleins de brouillard de Karda Nui, les Toa Nuva Phantoka en apprirent plus sur leur passé tandis qu'ils défendaient le village d'une attaque. Pendant que Kopaka et Lewa montaient la garde, Solek et Kopaka eurent une brève conversation sur Kopaka et ses aventures passées. Kopaka apprit que Takanuva avait été autrefois un Av-Matoran et le meilleur ami de Solek. Après la discussion, Solek donna à Kopaka son bout de Pierre-Clé, et informa Kopaka que, selon une légende Matoran, cette pièce et cinq autres seraient nécessaires pour éveiller Mata Nui. Cependant, Lewa et Tanma remarquèrent un Matoran de l'Ombre qui volait juste hors de portée des Av-Matoran, et Lewa envoya une bourrasque de vent pour faire tomber le Matoran. Kopaka utilisa un pont de Glace pour glisser rapidement et capturer le Matoran, qui était Kirop, l'ancien chef des Matoran de Karda Nui.

Une fois arrivée dans le marais, l'équipe de Tahu décida de se séparer pour couvrir plus de terrain et trouver plus rapidement le Kanohi Ignika. Tandis qu'il cherchait, Tahu découvrit le Codrex, une structure sphérique massive. Lorsqu'il vola vers le Codrex, il fut repoussé par le puissant champ d'énergie de la sphère. Il s'écrasa sur un petit îlot dans le marais, où Makuta Krika le découvrit. Krika approcha et commença à expliquer à Tahu pourquoi les Makuta détestaient les Toa, tout en draînant la chaleur de l'air ainsi que la chaleur de Tahu. Cherchant désespérement de l'aide, Tahu utilisa le pouvoir qu'il lui restait et lança une boule de feu dans les airs en tant que signal pour ses coéquipiers.

À l'intérieur de la Ruche des Sangsues de l'Ombre, Makuta Mutran et Chirox créèrent une bête Rahi sur l'ordre d'Antroz. Après une brève dispute sur l'apparence future de la créature, Chirox appela un Matoran de l'Ombre, et l'envoya dans le conteneur de Protodermis Liquide. Une fois le processus achevé, Mutran sortit le Rahi et se disputa avec Chirox, prétendant ue la créature mourrait d'horreur à cause de sa nouvelle apparence, ou qu'elle combinerait les pires éléments des deux espèces. Avant que Mutran puisse continuer, Antroz confirma que la bête suffirait pour ce qu'elle avait à faire. Il dit que si la créature n'avait pas la puissance nécessaire pour échapper aux Toa, son apparence les repousserait suffisamment longtemps pour qu'elle s'échappe à Destral pour que l'assistant Matoran de Mutran, Vican, puisse appeler Icarax. Lorsque la mission fut révélée, une onde de choc passa dans la pièce à cause de l'apparence triviale de cette action. Après qu'ils aient exprimé leur choc, Antroz répondit qu'ils avaient dû sous-estimer leurs ennemis, comme le font souvent les Makuta.

Dans un autre endroit, Roodaka, Carapar, Takadox, Spiriah, et Vezon, ce dernier ayant été sauvé des Zyglak, furent capturés, emportés ensemble, et furent contactés par Brutaka pour prendre part à une mission dangereuse pour le compte de l'Ordre de Mata Nui. Le groupe se rendit à Stelt dans un petit bateau, et ils y prirent un bateau plus grand, le volant à un marchand. Durant leur voyage, ils apprirent que leur mission était de sauver Makuta Miserix d'Artidax. Peu après, Spiriah prit le contrôle du bateau grâce à des Zyglak qu'elle avait contacté à Stelt. Ils se dirigèrent donc vers Zakaz, où Spiriah comptait se venger de son expérience ratée sur les Skakdi, à cause de laquelle elle avait été disgraciée. Quand le bateau attînt Zakaz, les Zyglak commencèrent à attaquer la côte, mais furent vaincus par des membres de l'espèce d'Ehlek. Vainquant la menace de Spiriah, Brutaka reprit le contrôle de l'équipe, et le dernier membre, Lariska, arriva.

Dans le même temps, Takanuva s'éveillait dans une des nombreuses pièces des Archives conçues pour exposer les corps de Rahi morts. Tout en se levant, il utilisa son pouvoir pour voir une Toa de l'Eau et un Toa gris, qu'il ne connaissait pas. La Toa de l'Eau révéla que le Toa gris était Toa Krakua, et qu'il avait sauvé Takanuva et l'avait emmené dans cette pièce, pensant que Takanuva pourrait mourir. Ensuite, elle se présenta comme Toa Helryx, la chef de l'Ordre de Mata Nui. Helryx dit à Takanuva que Krakua était un messager chargé de porter des messages entre l'Ordre et les divers Toa de l'univers. Takanuva marmonna qu'il devait avoir été frappé fort pour tomber inconscient. Ensuite, Helryx réagit en l'envoyant contre le mur avec des pics d'eau, et l'informa que les Toa Nuva étaient à Karda Nui, et que seul Takanuva pouvait les aider, étant désormais un Toa de Lumière et d'Ombre. Ensuite, Krakua s'avança, portant une créature qui ressemblait à un croisement entre un Krana et un Kraata. Il le fixa sur le Kanohi Avohkii de Takanuva, et il commença à avoir une vision du passé.

Après que l'équipe se soit séparée, Onua combattait un Nui-Kopen lorsqu'il tomba dans une embuscade de Makuta Bitil et de versions passées du Makuta, qui avaient été appellées par le Mohtrek de Bitil, et Bitil frappa Onua avec son Fusil des Fantômes de Nynrah. Tandis qu'il prenait le contrôle des pièces mécaniques d'Onua, il expliqua les pouvoirs de son Fusil des Fantômes, et emmena Onua au camp des Makuta. Graduellement, les effets du Fusil des Fantômes se dissipèrent, mais Onua choisit de continuer à faire mine d'être toujours sous le contrôle de Bitil pour tendre sa propre embuscade. Tandis que Bitil attendait impatiemment que Krika arrive, Onua se mit en action, attrappant le cou de Bitil, et menaçant de tuer Bitil puis de s'occuper de ses copies. Ensuite, Bitil expliqua les pouvoirs de son Kanohi Mohtrek et que ses copies étaient des versions passées de lui-même, après quoi Onua prit avantage de la situation pour créer une soudaine éruption de boue, et s'échapper pendant que les copies de Bitil étaient à terre. Bitil poursuivit rapidement Onua dans le marais. Pendant cette poursuit, Onua se rendit compte que son Fusil des Cieux Midak s'était transformé en un Fusil des Fantômes de Nynrah similaire à celui de Bitil. Onua tira rapidement sur Bitil qui, après avoir été frappée par le tir, fut entourée d'une sphère d'énergie et tomba dans le marais en-dessous.

Dans les eaux du marais de Karda Nui, le Kanohi Ignika explore les environs avec son énergie. Il décide rapidement, à cause du sacrifice de Matoro, qu'il veut expérimenter la vie, et même être un héros comme Matoro et les autres Toa Mahri. À partir de cette décision, il rassemble les particules qui dérivent dans le marais pour se construire un corps. Comme il le découvrit rapidement, son nouveau corps ne pouvait pas respirer de l'eau, mais au lieu de reconcevoir son corps, il créa une Planche des Cieux pour échapper au marais et explorer l'univers. Tandis qu'il sortait de l'eau, il sentit les Toa Nuva Phantoka au-dessus, et s'envola vers eux, espérant établir les premières amitiés de sa vie.

Pendant ce temps, Gali volait dans le marais, et trouva une Pierre-Clé empétrée dans les branches d'un arbre. Précautionneusement, elle utilisa ses pouvoirs d'Eau pour frapper l'arbre et libérer la Pierre-Clé. Cependant, tandis qu'elle approchait de la pierre, Makuta Gorast surgit et attaqua la Toa, se préparant à se nourrir de la lumière de Gali avec son dard. Mais Gali, avertie par un souvenir, se tourna et lança une attaque d'eau sur le chemin de son ennemie. Finalement, Gorast trouva une prise sur un arbre en utilisant ses griffes, et se jeta de nouveau sur la Toa de l'Eau, qui renvoya une autre puissante attaque d'eau. Cependant, Gorast esquiva et envoya Gali contre un autre arbre, qui fut arraché du sol par la violence du choc. Gorast atterrit et courut vers Gali, espérant en faire son repas, mais Gali coupa la source d'air de la Makuta en créant une sphère d'eau autour de sa tête. Ensuite Gali découvrit que son Fusil des Cieux s'était transformé en Fusil des Fantômes, et tira sur la Makuta en enlevant sa sphère d'eau. L'aiguillon d'énergie frappa sa cible, et attacha Gorast avec des chaînes d'énergie. Ensuite, Gali ordonna à la Makuta de se rendre, ou elle mettrait une nouvelle sphère d'eau sur la tête de Gorast. Tandis que Gorast brisait ses chaînes, elle se présenta, énuméra ses exploits, puis tira sur elle avec son propre Fusil des Fantômes de Nynrah. Gali esquiva le tir et envoya des flots d'eau, que Gorast dévia. Ensuite, Gali augmenta l'humidité de la boue sous Gorast, qui s'enfonça dedans. Cependant, pour que Gali ne fasse pas attention à la Makuta, elle plongea sous la boue. Tandis que Gali commençait à s'en aller, Gorast surgit hors de la boue pour l'attaquer, juste au moment où la boule de feu de Tahu apparut.

Dans le sud de l'Univers, Spiriah, Roodaka, Lariska, Brutaka, Takadox, Vezon, et Carapar se rendirent sur une île désolée pour récupérer des fournitures laissées là par Trinuma et Botar, au prix de la mort de ce dernier face à Icarax, ce qui les força à changer d'endroit pour déposer les armes. Une fois qu'ils eurent pris leurs armes, l'équipe fut capturée par Tren Krom qui les emmena dans sa grotte où il les interrogea, apprenant ce qui se passait dans l'univers. Il tua également Carapar, qui avait essayé de l'attaquer. Tren Krom laissa l'équipe partir, trouvant que les horreurs de l'univers étaient pires que tout ce qu'ils pourraient leur faire. Plus tard, atteignant Artidax, le groupe se rendit au coeur de l'île, utilisant Spiriah pour trouver les pièges qui avaient été conçus pour arrêter les Makuta. L'équipe entra précautionneusement dans un tunnel dans l'entrée duquel se trouvait une liane déclenchant un piège. Après que tous les autres soient rentrés, Takadox coupa la liane, piégeant les autres et s'échappant.

Pendant ce temps, les Toa Phantoka prenaient le bout de Pierre-Clé de Kirop, et se préparaient à mettre leur plan en action. Tandis que Kirop s'éveillait, les Toa eurent une fausse conversation. Kirop les écouta, et comprit qu'ils préparaient un raid sur la Ruche des Sangsues de l'Ombre. Entendant cela, Kirop créa un trou dans le plafond et s'enfuît vers la Ruche. Alors qu'il partait, l'équipe de Kopaka et le trio de Matoran de Tanma s'envolèrent après lui. Tandis qu'ils le suivaient, le Toa Ignika se joignit à eux, même s'ils l'ignorèrent sur le moment. Ils commencèrent à perdre du terrain, mais Photok découvrit son nouveau pouvoir de super-vitesse, révélant presque leur présence. Même si Kirop n'avait pas deviné qu'ils le suivaient, ils sentirent un nouveau danger, et virent un grand Rahi volant à plusieurs têtes qui volait au-dessus d'eux, comptant faire qu'ils soient son repas. Lorsque cette nouvelle menace apparut, le Toa Ignika s'envola plus haut et accéléra les processus vitaux de la créature, l'envoyant voler au sol. Après cette action, les Toa l'acceptèrent dans leur groupe, et continuèrent à poursuivre Kirop.

Dans le marais, Onua venait d'arriver pour sauver Gali. Il attrapa son assaillante, utilisant toute sa force et le pouvoir du Pakari Nuva, et frappa Gorast contre le sol, et elle pensa que c'était encore pire que de se faire piétiner par un Tahtorak ou être envoyé contre un mur par Krekka. Onua se dirigea vers Gali tandis que Gorast lui offrait de rejoindre la Confrérie, offre à laquelle il répondit rapidement et fermement « non ». Gorast chargea, et se retrouva face à un geyser de boue tandis qu'Onua s'enfuyait avec Gali vers l'endroit d'où avait été tirée la boule de feu de Tahu. Finalement, Gorast sortit du geyser et commença à poursuivre les Toa.

Quand Kirop arriva à la Ruche des Sangsues de l'Ombre, Vican en sortait, montant l'hybride Rahi-Matoran. Tandis que Kirop volait rapidement à l'intérieur pour prévenir Mutran, les Makuta remarquèrent les Toa qui volaient rapidement vers la ruche, et claquèrent la porte. Les Toa ne perdirent pas de temps à essayer de l'ouvrir, utilisant des rochers de Pohatu, un souffle d'Air de Lewa, et des attaques de lumière des Av-Matoran. Face à tout cela, la porte s'envola à l'intérieur, et fut rattrapée par Mutran, qui avait secrètement créé une illusion dans la ruche en quelques instants pour cacher les conteneurs à Sangsues de l'Ombre. Kopaka ordonna à Lewa, Pohatu, et aux Av-Matoran de s'enfoncer plus profondément dans la ruche, pour trouver les conteneurs à Sangsues. Pendant ce temps, Kopaka resta pour combattre Mutran avec Solek.

Même s'ils avaient parcouru environ un Kio de tunnels, Lewa, Pohatu, Ignika, et les Matoran n'avaient toujours pas trouvé les conteneurs à sangsues, à cause de l'illusion du Makuta. Énervé, ils décidèrent de demander à leur nouvel allié. À leur grande surprise, Toa Ignika avait disparu et une bête blanche à grands crocs avait pris sa place. En fait, l'Ignika était simplement couvert par une illusion. Après un bref débat, les Toa Nuva et les Matoran commencèrent à attaquer, ce que l'Ignika ne prit pas à la légère. Finalement, il n'en put plus et commença à ralentir leurs processus vitaux pour terminer leurs existences.

Pendant ce temps, Kopaka continuait à combattre Mutran. Pendant le combat, Solek avait été assommé. Tandis que Kopaka se préparait à lancer une attaque de Glace, Mutran utilisa son pouvoir de Peur pour déconcentrer le Toa. Après cela, Mutran marcha en avant et attrapa Kopaka par la gorge et commença à utiliser ses autres pouvoirs mentaux pour rendre Kopaka fou.

Près de l'entrée, Solek se réveilla et vit Kopaka au sol, regardant dans le vide tandis que Mutran préparait une attaque d'Ombre. Malgré ses efforts, Solek ne put la bloquer avec son corps, mais créa accidentellement un bouclier de Lumière solide avec ses nouveaux pouvoirs. Pendant que Solek et Mutran essayaient de comprendre ce qui venait d'arriver, Kopaka se remit sur pieds et attaqua continuellement Mutran avec ses pouvoirs de Glace. Ce faisant, il expliqua à Solek qu'il avait fait mine d'être vaincu. Mutran essaya de créer un enchaînement d'éclairs, mais Kopaka continua à l'attaquer avec de la Glace.

Pendant ce temps, les autres Toa et Matoran commencèrent à se rendre compte qu'ils étaient en train de mourrir lentement. Photok et Pohatu se rendirent également compte que le 'monstre' était en fait l'Ignika, et ils le supplièrent d'arrêter, sans succès. Cependant, avant qu'un seul coup ne puisse être échangé, Pohatu découvrit que leur allié portait le Masque de Vie.

Avant que Kopaka et Solek ne puissent partir aider les autres Toa et Matoran, les Makuta Phantoka arrivèrent à l'entrée. Vamprah utilisa ses pouvoirs d'Ombre dans toute la grotte, tandis que Chirox utilisait ses pouvoirs de Fragmentation pour ouvrir une crevasse dans le sol pour distraire Kopaka et Solek, et Antroz finit l'attaque en utilisant ses pouvoirs de Magnétisme pour frapper le duo contre le mur jusqu'à ce qu'ils soient assommés. Ensuite, les Makuta avancèrent dans les tunnels pour trouver les autres Toa, laissant Mutran se libérer seul de la Glace.

Chirox, Vamprah, et Antroz découvrirent Lewa, Pohatu, Photok, et Tanma dans un des tunnels et utilisèrent leurs Cris Puissants pour assommer leurs ennemis. Ensuite, Vamprah et Chirox emmenèrent les Matoran pour les interroger, pendant qu'Antroz et Mutran, tout juste libéré, emprisonnait Kopaka, Pohatu, et Lewa avec des chaînes de Protoacier dans la Ruche. Antroz informa les Toa que s'ils essayaient de s'évader, il enverrait un message télépathique à Vamprah et Chirox, pour qu'ils tuent les Matoran. Après que Mutran ait expliqué que c'étaient des illusions qu'ils avaient vu, Antroz révéla qu'ils allaient utiliser des Sangsues de l'Ombre pour draîner la lumière des Toa en commençant par Lewa. Ensuite, Mutran sortit une Sangsue de l'Ombre d'un conteneur et la posa sur le Kanohi de Lewa.

Pendant ce temps, Vican atteignait Destral et utilisa sa Tablette de Transit pour accéder à la Forteresse de la Confrérie. Même si on lui avait indiqué comment trouver Icarax, il n'en eut pas besoin, Icarax étant assis sur le trône de Teridax. Le choc de Vican augmenta quand il vit qu'Icarax portait le Kanohi Kraahkan de Teridax. Vican commençait nerveusement à délivrer le message d'Antroz quand Icarax utilisa ses pouvoirs d'Ombre pour mettre Vican au sol et lui couper la respiration, tout en menaçant Vican avec son épée à deux lames pour qu'il se dépêche. Vican délivra rapidement le message à Icarax, qui le libérant en disant à quel point il était absurde qu'Antroz essaye de lui donner des oredres. Après que Vican ait répondu qu'Antroz et le reste de la Confrérie ne faisaient que suivre le Plan de Teridax, Icarax l'attrapa et le tint au-dessus d'une source de Protodermis Énergisé, discutant de la dépendance qu'ils avaient au Plan de Teridax, ce qu'il considérait comme une des fautes majeures du Plan. Ensuite, il ordonna à Vican de partir, et de dire à Antroz qu'il viendrait à Karda Nui. Vican s'enfuit rapidement et s'envola sur sa monture pour éxecuter ses ordres.

Tandis que Mutran approchait la Sangsue de l'Ombre de Lewa, Pohatu trouva rapidement un plan en utilisant sa capacité à détruire la pierre. Il affaiblit précautionneusement la pierre sous Mutran, mais lorsque la Sangsue de l'Ombre entra en contact avec le Kanohi de Lewa, Pohatu anéantit mentalement la roche sous les Makuta. À ce moment, il activa son Kanohi Kakama Nuva pour faire vibrer ses particules et échapper à ses chaînes, ainsi que pour couper celles des deux autres Toa. Kopaka et Lewa récupérèrent leurs armes pendant que le Toa Ignika s'éveillait et Pohatu sauvait les Matoran. Ensuite, Kopaka se rappella d'un combat, alors qu'ils venaient d'arriver à Metru Nui. À Ga-Metru, ils avaient utilisé leurs Kakama Nuva pour distraire et vaincre des Vipères de la Mort, et ils décidèrent d'utiliser la même stratégie pour s'échapper et détruire les conteneurs à Sangsues de l'Ombre. Pohatu activa son Kanohi Nuva et ils s'enfuirent tous en passant par les conteneurs puis se dirigèrent vers la sortie, juste au moment où Vamprah et Chirox arrivèrent en face d'eux. Antroz leur ordonna de bloquer la sortie, mais ce fut inutile, les Toa vibrant à travers leur corps, détruisant de leur Antidermis. Une fois qu'ils se furent échappés de la Ruche, ils combinèrent leurs pouvoirs pour essayer de détruire la pierre organique qui la retenait, mais les dommages se réparaient presque immédiatement. Ensuite, Toa Ignika utilisa ses pouvoirs pour tuer la pierre, et abattra la ruche. Finalement, les deux camps se regroupèrent pour la prochaine bataille.

Les Makuta retournèrent dans la caverne d'Antroz, et se disputèrent sur la raison pour laquelle ils devaient garder les Matoran de l'Ombre. La dispute commença quand Mutran cria sur Kirop parce qu'il avait mené les Toa à le Ruche des Sangsues de l'Ombre, et Chirox montra son dédain pour tous les Matoran de l'Ombre. La dispute continua jusqu'à ce qu'Icarax arrive et les interrompe, se moquant du Plan dans son entier. Ensuite, Antroz informa de la tâche pour laquelle il l'avait appellé, vaincre le Toa Ignika et capturer le Masque de Vie. Icarax accepta, mais seulement pour s'amuser.

La dernière bataille au-dessus de Karda Nui commença lorsque les Makuta volèrent au-dessus de Karda Nui pour aller répandre les ténèbres dans le dernier village de lumière. Juste avant qu'ils ne rompent la formation, Mutran et Icarax frappèrent les toits de Karda Nui avec de la Foudre. Pendant que Mutran et Icarax rompaient, les Makuta Phantoka continuèrent à voler. Antroz utilisa son pouvoir de contrôle du temps pour créer une tempête, et Vamprah et Chirox alternèrent leur utilisation de leurs pouvoirs de Son et de Cyclone pour détruire les Maisons Matoran et les Lianes de Lumière. Après les attaques, la cachette des Toa et des Av-Matoran fut révélée, et Mutran et Icarax volèrent vers elle. Après que Mutran ait utilisé son pouvoir de Plasma pour faire fondre les charnières, Icarax arracha la trappe, et découvrit qu'elle était vide. Il cria de rage, et les Makuta les recherchèrent sans succès. Cependant, Gavla remarqua quelques Matoran de l'Ombre plus bas, et elle et Vamprah allèrent les libérer. Après que les Matoran aient été libéré, ils informèrent les Makuta que les Toa étaient partis vers la caverne d'Antroz avant que les Makuta n'attaquent. Ensuite, Vamprah frappa un rocher et ramassa un des fragments, ce que Gavla interpréta comme étant le signe que les Toa volaient le bout de Pierre-Clé des Makuta.

Les Makuta volèrent aussi vite que possible vers la grotte, mais Pohatu commença à leur jeter des stalactites dessus. Tandis qu'il se préparait à en lanceur un autre, Antroz utilisa sa vision calorifique sur lui, mais Kopaka dépassa Pohatu et créa un bouclier de glace, réfléchissant les deux rayons laser sur Antroz, qui fut frappé par sa propre attaque malgré l'avertissement de Kirop, et son Antidermis commença à fuir. Ensuite, Chirox et Kirop essayèrent de faire leur propre attaque sur le Toa de Pierre mais Lewa sortit de la cave et utilisa son Fusil des Cieux Midak pour faire perdre suffisamment longtemps l'équilibre à Chirox pour que Pohatu puisse lui envoyer un stalactite. Cependant, deux Av-Matoran arrivèrent, prêts à se joindre à la bataille, et Icarax ne perdit pas de temps pour utiliser ses pouvoirs de Cyclone pour les capturer. Lewa créa rapidement son propre cyclone et le fit entrer en collision avec celui d'Icarax, mais il le désactiva simplement, et laissa tomber les Matoran dans le marais. Kopaka et Solek volèrent à leur secours, utilisant une chaîne de glace faîte par Kopaka pour en sauver un, et un filet fait de lumière par Solek pour sauver l'autre. Mais, tandis qu'ils faisaient cela, Mutran les frappa avec un Cri Puissant. Antroz se prépara à les attaquer en même temps, chargeant ses mains avec de l'énergie de Fragmentation, et se jetant vers Kopaka. Pohatu vit venir l'attaque d'Antroz venir et il jeta un stalactite sur lui puis vola vers le Makuta étourdi. Ensuite, Photok et Pohatu utilisèrent la capacité de super-vitesse de Photok pour délivrer des centaines de puissants coups encore et encore, jusqu'à ce qu'Icarax envoie Pohatu, Photok, Antroz, et Radiak vers le marais en utilisant ses pouvoirs de Gravité.

Sur Artidax, l'équipe de Brutaka se regroupa et continua, faisant face à de dangereux insectes avant d'atteindre Miserix sous sa forme de dragon haut de quarante pieds, emprisonné dans une grande pièce gardée par des Klakk. Ils parlèrent à Miserix, qui tua Spiriah dès qu'il vit un frère Makuta. Brutaka et Roodaka unirent leurs pouvoirs pour casser un maillon faible de la chaîne qui retenait le bras de Miserix, déclenchant une attaque des Klakk que Lariska et Vezon retinrent. Ensuite, Miserix lança un cri puissant qui vainquit les Klakk, ainsi que Lariska et Vezon. Libéré de ses chaînes, Miserix cassa le flanc de la montagne, créant une sortie. Ensuite, Roodaka essaya de faire rejoindre leur camp à Miserix, et elle fut assommée par le rugissement par lequel il répondit. Brutaka chargea son équipe sur le dos de Miserix, le Makuta se métamorphosant pour avoir une paire d'ailes qu'il utilisa pour voler vers le nord. L'équipe se reposa brièvement avant d'arriver à Daxia.

À la destination de Gali et d'Onua, Tahu était toujours en train de se faire draîner son énergie par Krika. Tahu réfléchit rapidement, et utilisa ce qui lui restait de pouvoir pour surchauffer la boue sous les pieds de Krika jusqu'à ce qu'elle soit frémissante, forçant Krika à arrêter de draîner son énergie et baisser sa densité pour devenir intangible. Tandis que Tahu se levait, il vit les autres Mistika qui volaient vers lui et Krika. Tahu absorba rapidement la chaleur dans son corps pour que les Toa puissent atterrir, puis projeta un bouclier avec Kanohi Hau Nuva. Dès que Bitil et Gorast arrivèrent, ils prévoyèrent de mettre à bas son bouclier, mais Chirox tomba du ciel, leur demandant d'essayer de le sauver. Pendant que les Makuta Mistika étaient occupés à essayer de sauver leur frère, un Av-Matoran obtint l'attention des Toa et les emmena dans une petite clairière entourée de Lianes de Lumière avec des Av-Matoran à terre, en train de se transformer. Onua courut vers les Matoran, mais fut arrêté par le Matoran qui les avait emmenés là. Graduellement, ils se rendirent compte que les Matoran devenaient des Bohrok, les machines qu'ils avaient combattu sur Mata Nui l'année dernière.

Tandis que Pohatu et Photok tombaient vers le marais, Pohatu sentit soudain un des souvenirs de Photok envahir son esprit, sur un stalactite dans le marais. Pohatu essaya d'atterrir sur le stalactite, et réussit jusqu'à ce que le stalactite se décroche, faisant de nouveau tomber Pohatu et Photok.

Après avoir sauvé Chirox, les Makuta discutèrent pour savoir s'ils devaient ou non pourchasser les Toa. Krika assura que les Toa ne pourraient pas partir sans tous les morceaux de la Pierre-Clé, et qu'il en possédait un. À cause de la façon dont Krika avait dit ça, Bitil lui fit remarquer qu'on dirait qu'il admirait les Toa. Krika répondit à cela qu'il respectait simplement la puissane et la compétence des Toa. Quand Gorast commenta que Krika devrait être extrêmement prudent, le Plan étant presque achevé, il activa son Kanohi Crast et envoya Gorast contre un stalactite, clamant qu'il avait toujours été prudent, et que ça lui avait permis de survivre.

Jusqu'à ce moment, l'Ignika n'avait pas participé aux événements car il était dépassé par ce qui se passait. Cependant, l'attaque d'Icarax sur Pohatu et Photok convainquit l'Ignika d'attaquer. Il s'envola vers Teridax et le frappa avec le tranchant de sa Lame de Vie. Bien qu'il n'ait souffert d'aucun dommage, Icarax se tourna pour faire face à son nouvel assaillant, et reconnut le Toa à qui Antroz voulait qu'il prenne le Masque de Vie. L'Ignika frappa Icarax avec sa Lame de Vie une seconde fois, mais Icarax utilisa son contrôle de la densité pour que la lame passe à travers lui puis utilisa le même pouvoir pour frapper l'Ignika avec un poing super durci. Tandis que l'Ignika manquait de chuter de sa Planche des Cieux, Icarax le rejoignit pour prendre le Kanohi, mais Ignika le maudit en inversant son évolution jusqu'à ce que tout son Antidermis soit redevenu du tissu organique, ce qui fut extrêmement douloureux pour Icarax, son armure étant conçue pour abriter de l'énergie, pas des organes et des muscles.

Dans la clairière, l'Av-Matoran confirma que les Av-Matoran se transforment en Bohrok si c'est leur destinée. Quand ils lui demandèrent où étaient transportés les nouveaux Bohrok, il répondit qu'ils allaient être équipés de Krana, qui contrôleraient les machines pour qu'elles servent Mata Nui. Ensuite, le Matoran donna un autre bout de Pierre-Clé aux Toa Nuva, et leur dit que six seraient nécessaire pour accéder au Codrex, qu'il décrivit comme l'endroit où ils avaient commencé, et finiraient probablement. Cependant, avant que les Toa ne puissent en apprendre plus, le Matoran se transforma en Bohrok. Tandis qu'il réfléchissait aux découvertes qu'il venait de faire, Tahu entendit une voix de son passé, même s'il ne le savait pas.

Un membre de l'espèce de Botar et Krakua arrivèrent sur Voya Nui pour ramener Axonn à Daxia. Axonn fut téléporté après une petite bataille ait eu lieu. Il arriva dans la Forteresse de Daxia et rencontra Miserix et Brutaka, qui lui dit que l'Ordre de Mata Nui allait révéler son existence pour combattre la Confrérie des Makuta.

Au même moment, des Rahi volants messagers volèrent au-dessus d'Odina, formant un motif pour informer le Chasseur de l'Ombre l'Ancien qu'il devait convaincre le Ténébreux de s'allier à l'Ordre de Mata Nui ou le tuer.

Les Toa Mistika suivirent la piste laissée par les Makuta ; même s'ils savaient que c'était un piège. Cependant, Tahu trouva un plan utilisant la capacité que Pohatu avait découvert lorsqu'ils étaient sur Odina pour chercher le Bâton d'Artakha. Se concentrant sur un point en utilisa précautionneusement son pouvoir élémentaire, il démontra sa nouvelle capacité de créer une boule de feu à retardement, et informa les autres Toa Nuva qu'ils pouvaient faire la même chose avec leurs propres éléments. En utilisant leurs capacités de retardement, Tahu lança une boule de feu sur Gorast, Gali envoya une attaque d'eau sur Bitil, et Krika fut frappé par le tremblement de terre à retardement d'Onua. Pendant que les Makuta recherchaient la source apparente de ces attaques, les Toa cherchaient dans le camp des Makuta Mistika, et découvrirent un bout de Pierre-Clé.

Sur Xia, les Toa Hagah combattirent et vainquirent le Tahtorak et le Dragon de Kanohi. Juste à ce moment, Gaaki eut une vision de centaines de 'chercheurs de ténèbres' prêts à se battre. Norik la calma, et à son signal, Kualus envoya un Faucon de Fumée comme éclaireur, et il revînt en annonçant que les Chasseurs de l'Ombre arrivaient. Iruini se téléporta immédiatement sur le vaisseau amiral et se confronta au Ténébreux qui lui dit qu'il était là pour détruire Xia et le menaça. Helryx arriva avec deux membres de l'Ordre de Mata Nui et força le Ténébreux à envahir et vaincre Xia, envoyant trois Chasseurs de l'Ombre à l'eau pendant la discussion. Ensuite, un de ses compagnons se téléporta sur Xia et revînt avec les autres Toa Hagah. Helryx les informa que leur mission était de trouver Teridax et elle leur donna Zaktan comme guide. Entre temps, Gaaki eut une vision d'eux se rendant dans 'un endroit de mort' duquel l'un d'entre eux ne reviendrait pas.

Juste au moment où les Toa allaient partir, les Makuta Mistika, l'équipe de Krika, revînrent, et tirèrent avec leurs Fusils des Fantômes, mais leurs tirs furent bloqués par le pouvoir du Kanohi Hau Nuva de Tahu Nuva. Cependant, les Makuta savaient que le bouclier ne tiendrait pas longtemps, et prévoyèrent de l'abattre pour que leur recherche du Kanohi Ignika ne soit plus retardée. Tahu leur dit désespérement que les Toa avaient déjà trouvé le Kanohi Ignika et que les Toa Nuva Phantoka l'avait déjà utilisé pour vaincre les Makuta d'Antroz. Bitil, pour contredire Tahu, contacta les Makuta Phantoka par télépathie, et découvrit que l'Ignika était devenu un Toa, et qu'il avait déjà vaincu Icarax. Pendant que les Makuta étaient distraits par cette révélation, Gali utilisa son pouvoir pour augmenter l'humidité de l'air, permettant aux Toa de s'échapper sous terre avec l'aide d'Onua. Les Makuta se rendirent rapidement compte que les Toa n'étaient plus là, mais au lieu de les pourchasser, Krika décida simplement d'aller à leur destination, se souvenant des caractéristiques des Vahki Keerakh.

Sous terre, les Toa se dépêchaient, jusqu'à ce que Tahu dise à Onua d'arrêter de creuser un moment. Ils n'entendirent rien, et Gali suggéra qu'ils sortent du tunnel et aillent au Codrex, mais Tahu la contredit, et dit à Onua de faire demi-tour et de retourner au camp des Makuta.

Sur Daxia, Vezon fut libéré par Trinuma pour une mission suicide, et voyagea avec lui dans un bateau jusqu'à Destral, où Vezon devrait trahir l'univers entier.

Comme la concentration d'Icarax était brisée, Pohatu put remonter et aider Kopaka à combattre Chirox, mais quand Mutran vit quel chemin prenait la bataille, il décida de libéra toute son énergie élémentaire d'Ombre, un peu comme un Souffle Nova. Peu après, il envoya Vican rassembler les autres Makuta pour qu'ils puissent s'échapper vers les marais, mais Mutran et Icarax furent capturés par les Toa.

Après une courte discussion, les Toa Nuva décidèrent d'aller aider les Toa Nuva Mistika à combattre les Makuta avec l'aide de Tanma, Photok, et Solek. Toa Ignika resta pour garder Icarax.

Miserix arracha le toit d'une boutique sur Stelt et demanda où se trouvait Teridax. Le marchand ne le sachant pas, il dit au marchand de dire à tout le monde qu'il était de retour et qu'il cherchait Teridax.

Krika ordonna à chacun des Makuta Mistika de se cacher dans les ténèbres et d'attendre les Toa. Ce faisant, chacun d'entre eux pensa à diverses choses, principalement liées à leur point de vue sur le Plan de Teridax. Cependant, les Toa Nuva observaient leurs adversaires, cachés dans le brouillard, et prévoyèrent d'attaquer par derrière. Pendant que Gali utilisait une sphère d'eau pour attaquer Gorast, Onua ouvrit un trou dans la boue sous Bitil, et Tahu lança une boule de feu sur Krika, ce qui fit lâcher son Fusil des Fantômes au Makuta. Ensuite, Gali tira avec son propre Fusil des Fantômes et piégea Gorast dans des chaînes d'énergie, pendant que ses frères tiraient tout ce qui leur passait par la tête sur les Makuta. Cependant, Krika attaqua Gali avec une attaque d'Ombre, et brisa sa concentration, permettant à Gorast de se libérer de sa sphère d'eau. Ensuite, Krika ordonna à Gorast de libérer Bitil, mais Onua la pourchassa.

Sur Zakaz, Axonn et Brutaka combattaient une horde de Skakdi et firent mine de se rendre, pour qu'ils puissent être emmenés au principal seigneur de guerre, Nektann, et le convaincre de se joindre à l'Ordre dans son combat contre la Confrérie. Ensuite, ils se rendirent dans les campements des autres seigneurs de guerre pour les convaincre à leur tour.

Dans le marais, Tahu continua à attaquer Krika avec des boules de feu, mais Krika diminua simplement sa densité, laissant les flammes passer à travers lui. Ensuite, Krika raconta un conte sur un Kavinika et un Lohrak à Tahu, dont la morale était que parfois, les deux adversaires peuvent perdre. Pendant ce temps, Gorast n'avait toujours pas libéré Bitil, et était retenue par les attaques de boue d'Onua. Malgré cela, Bitil s'était échappé et suivait Gali de près, mais elle se retourna et lança une attaque d'eau en montant. Ensuite, elle tira avec son Fusil des Fantômes de Nynrah pour créer des obstacles d'énergie dans l'air, gardant Bitil hors du combat. Ensuite, Bitil activa son Kanohi Mohtrek, et les copies invoquées attrapèrent Gali et la jetèrent dans le marais, mais Onua utilisa son Fusil des Fantômes pour créer une plateforme flexible qui arrêta la chute de Gali pendant une courte seconde, juste le temps nécessaire pour qu'il crée une avancé de terre pour la protéger du marais tandis qu'elle retournait dans les airs. Cependant, ses efforts pour sauver Gali permirent à Gorast de progresser face à son attaque de boue, et il dut la retenir pour qu'elle ne puisse pas draîner sa lumière. Alors qu'elle se moquait de la couleur de son armure, il la frappa durement, envoyant Gorast dans les airs.

Le combat resta équilibré entre la réfléxion rapide de l'équipe de Tahu et les formidables pouvoirs des Makuta. Krika, toujours coincé dans un combat contre Tahu, mentit à son adversaire, lui disant que le champ d'énergie du Codrex allait exploser à cause de Bitil, mais Tahu devina qu'il bluffait, répondant que les Makuta n'oseraient pas, et expliqua qu'il pensait que les Makuta voulaient que les Toa rentrent dans la sphère géante. Ensuite, Tahu commença à absorber la chaleur autour de Krika avant que le Makuta ne s'échappe en utilisant sa forme fantômatique et intangible. Ensuite, Krika informa Tahu que quelque chose se passait derrière lui, et, hésitant, Tahu regarda derrière lui et vit les Makuta Phantoka et leurs cavaliers Matoran de l'Ombre voler dans le marais.

Sur Stelt, le Ko-Matoran Mazeka arriva pour questionner un artisan Fe-Matoran. Après avoir évité deux gardes, Mazeka rentra dans l'atelier du Matoran et le questionna sur la localisation de Vultraz, pour qui le Fe-Matoran avait modifié son Chasseur des Cieux. Le Matoran dit à Mazeka, sous la menace de voir son masque détruit, que Vultraz était parti dans 'le coeur' pour rejoindre Makuta Icarax. Ensuite, Mazeka partit, détruisant tout de même le masque du Matoran et s'occupant des gardes. Ensuite, le Ko-Matoran se rendit à Daxia pour questionner Helryx sur le coeur. Évitant les gardes, il se rendit dans la chambre d'Helryx par un tunnel pour s'évader. Là, il rencontra Tobduk qui lui dit qu'il savait où était le coeur, mais que Mazeka devrait l'aider pour une mission avant qu'il ne lui dise.

Tandis que les Makuta Phantoka descendaient dans le marais de Karda Nui, leurs frères et soeur Mistika formèrent une formation en V, et repoussèrent les Toa Nuva Mistika jusqu'à ce qu'ils soient hors du champ défensif du Codrex. Ensuite, Antroz prépara une attaque d'Ombre pour éxecuter ses ennemis, mais son attaque fut renvoyée quand elle frappa la glace que Kopaka avait formé autour de sa main. Celui-ci, accompagné de Lewa et Pohatu, se joignit aux Toa Nuva Mistika, et quelques moments plus tard, le trio d'Av-Matoran de Tanma arriva. Chaque camp étant de nouveau à égalité, la bataille finale pour l'Univers Matoran commença.

À Metru Nui, Takanuva se réveilla de sa vision après que Krakua ait enlevé la créature de son visage. Ensuite, Helryx l'informa que les Toa Nuva avaient oublié tout ce qu'il venait de voir à cause de leur sommeil dans les Canisters Toa, et allaient inconsciemment se détruire, eux, les Matoran, et tout ce qu'il y avait dans le marais pour éveiller Mata Nui. Ensuite, elle lui donna sa mission, dont le but était d'informer les Toa Nuva du danger avant qu'il ne soit trop tard. Elle mentionna également que l'Ordre de Mata Nui attaquerait la base de la Confrérie sur Destral. Après qu'il ait exprimé ses inquiétudes pour sa cité, Helryx lui dit que la cité serait en sécurité, grâce aux Toa Mahri et à Brutaka. Brutaka douta de la loyauté de Brutaka, et Helryx lui répondit que la situation désespérée dans laquelle se trouvait l'univers le requérait. Ensuite, elle l'informa que le Kanohi Olmak de Brutaka le transporterait à Karda Nui, puis Brutaka ouvrit un portail aussi proche de Karda Nui qu'il le pouvait. Brutaka tendit une Horloge Solaire à Takanuva en lui expliquant son importance. Ensuite, Takanuva franchit le portail, commençant sa mission.

Les Toa Hagah furent téléportés à Metru Nui pour leur mission, ayant été informés par Zaktan qu'ils devraient détruire le Colisée pour suivre Teridax. Une fois qu'ils eurent rencontré les Toa Mahri et qu'ils leur eurent dit qu'ils devaient détruire le Colisée, les deux équipes de Toa s'affrontèrent. Le combat s'arrêta abruptement lorsqu'un Rahi gigantesque invoqué par Kualus reprit sa liberté et que les Toa durent l'arrêter. En travaillant ensemble pour arrêter le Rahi, les Toa en vinrent à se comprendre et trouvèrent un plan pour que les Toa Hagah puissent se rendre sous le Colisée sans le détruire. Après avoir convaincu les Turaga et fini les préparations, les Toa créèrent un passage soutenu par Hewkii, Bomonga, et Kualus pendant que les Toa de l'Eau rafraichissaient les murs et que les Toa de l'Air surveillaient Zaktan. Ensuite, les Toa Hagah y entrèrent, refusant l'offre des Toa Mahri de se joindre à eux, et Hewkii reposa la structure, avant de s'effondrer.

Pendant ce temps, dans une zone inconnue sous le Colisée de Metru Nui, Makuta Teridax dans sa forme d'Antidermis dépassait les défenses de la zone. Il n'avait aucune inquiétude concernant les armes, étant donné qu'elles avaient été conçues pour les êtres sous forme physique. Ensuite, il remarqua une sculpture d'un Kanohi Hau, et « parla » à son « frère » Mata Nui, comme il l'avait souvent fait. Rapidement, il arriva à sa destination, et commença à achever la dernière phase de son Plan.

Après une brève lutte avec Tahi, Vamprah s'était enfui dans le brouillard, et chassait silencieusement le Toa du Feu précautionneux. Tahu volait dans le marais, souhaitant avoir un Av-Matoran pour l'aider à repérer le Mkuta. Une attaque d'Ombre fut lancée sur Tahu, mais il l'évita et lança plusieurs boules de feu sur la source de l'attaque, mais ne les vit traverser que de l'air. Ensuite, Tahu entendit quelque chose tomber, et le clic indiquant que des Sangsues de l'Ombre sortaient d'une Capsule Tridax. Il activa son Hau Nuva, mais les sangsues s'accrochèrent simplement au bouclier d'énergie, essayant de draîner sa lumière en vain. Pour s'en débarasser, il vola près des eaux du marais et désactiva son Kanohi, faisant tomber les sangsues dans l'eau mutagène.

Sur une des îles du Sud, des Skakdi combattirent des Rahkshi qui étaient venu pour envahir cette terre et attaquer ses habitants Matoran, selon le plan de la Confrérie. Bien que les Skakdi aient presque été vaincus, ils réussirent à se mettre en colère et vaincre les Rahkshi. Axonn et Brutaka les regardèrent un certain temps, puis descendirent dans un petit canyon, au milieu duquel se trouvait une trappe cachée sous les rochers et les pierres. Axonn ouvrit la trappe d'un coup, et ils entrèrent dans un endroit souterrain, qui contenait la source d'Antidermis à partir de laquelle les Makuta avaient été créés. Les deux guerriers se préparèrent à la détruire, mais le liquide explosa sur eux, les faisant tomber dedans. Axonn manqua de se noyer, mais Brutaka l'en sortit. Brutaka fut affecté étrangement par l'Antidermis, devenant extrêmement puissant et son esprit devenant asujetti à l'essence de l'espèce des Makuta. Le guerrier commença à parler de Spherus Magna, de l'Éclatement, et des erreurs qui devaient être réparées.

Sur Xia, le Ténébreux errait sur l'île lorsqu'il croisa un Vortixx qui cherchait dans des débris. Le chef des Chasseurs de l'Ombre questionna le Vortixx puis le menaça lorsqu'il lui mentit sur ce qu'il faisait. Ensuite, le Ténébreux commença à creuser et trouva un petit coffre contenant trois flacons de Virus que Makuta Kojol avait emmené avec lui quand il avait visité Xia. Ensuite, le Ténébreux tua le Vortixx. L'Ancien, qui faisait des rapports sur les actions des Chasseurs de l'Ombre pour Helryx, vint voir son chef qui lui expliqua ce qu'il avait trouvé puis tua L'Ancien pour empêcher toute fuite d'informations.

Pendant ce temps, Kopaka, Lewa, et Onua combattaient les Makuta, et, sans raisons apparentes, Lewa commença à raconter une histoire sur trois Matoran, un essaim de Nui-Rama, et un panier de baies Bula. Après avoir été interrompu plusieurs fois, Lewa réussit à finir son histoire, et expliqua que si les Makuta voulaient quelque chose, ils devraient simplement leur donner, comme les Matoran de l'histoire. Ils discutèrent de ce que les Makuta voulaient exactement, et, pendant un moment, crurent qu'il s'agissait des Pierres-Clés, mais Onua les convainquit que ce n'était pas le cas.

Au Colisée de Metru Nui, peu après que les Toa Hagah soient partis, les Toa Mahri discutèrent brièvement de la mission des Toa Hagah, et, en se retournant, découvrirent un cristal doré qui flottait dans l'air. Johmak leur dit qu'ils devaient l'emmener à Artidax pour que les Visorak le suivent et s'y retrouvent piégés. Ensuite, l'agent de l'Ordre de Mata Nui disparut dans des cristaux. Jaller, Nuparu, et Hahli partirent pour Artidax tandis qu'Hewkii et Kongu restaient pour protéger la cité. Peu après que leurs camarades soient partis, Kongu et Hewkii furent assommés par Johmak, dont les fragments s'étaient reconstruits derrière eux.

Sur Destral, Vezon s'était fait capturé par des Rahkshi et était emmené à Makuta Tridax pour être interrogé. Face à cette interrogation intimidante, Vezon révéla l'existence de l'Ordre de Mata Nui, son plan pour assaillir Destral, et le fait qu'un espion avait été envoyé pour saboter leur dispositif de téléportation. Cependant, Tridax ne le crut pas, le dispositif ne montrant aucun signe de sabotage, et continua son interrogation, tenant le demi-Skakdi par les épaules. Juste après, Destral fut attaquée, et Tridax partit dans un niveau souterrain, suivi par Vezon. Là, Tridax parla à Vezon et lui montra environ une centaine de Takanuva alternatifs, chacun arraché à sa dimension en utilisant un Kanohi Olmak. Tridax avait draîné la lumière de certains d'entre eux, et prévoyait de les libérer pour combattre les forces de l'Ordre de Mata Nui. À ce moment, Tobduk et Mazeka apparurent et combattirent Tridax et Vezon, respectivement. Alors que Tobduk tua le Makuta en lui racontant son histoire, Mazeka emmena Vezon loin du combat et le laissa libre, ne voyant aucune raison pour le tuer. Vezon prit l'Olmak et créa un portail une fois qu'il fut seul.

Krika, au milieu d'une lutte contre Gali, décida de se mettre en action. Après avoir esquivé une attaque d'eau, il discuta avec Gali, tout en la combattant. Il utilisa son contrôle de la densité pour passer à travers les barres d'énergie créées par le Fusil des Fantômes de Gali, puis l'attrapa en draînant un peu de son énergie. Désormais incapable de résister, il l'emmena dans le marais.

Sur Artidax, Jaller, Nuparu, et Hahli rencontrèrent Takadox, qui s'était retrouvé piégé là après que le bateau utilisé par l'équipe de Brutaka se soit échoué, raconta-t-il aux Toa. Les Toa lui dirent quelle était leur mission, lui montrant le Coeur des Visorak et les araignées Rahi qui les suivaient. L'ancien Barraki les hypnotisa et prit leur bateau, les laissant à une mort certaine alors que les Visorak arrivaient et que le volcan entrait en éruption à cause d'un dispositif mis en place par deux membres de l'Ordre. Les Visorak arrivèrent sur l'île et commencèrent à explorer les environs. Cependant, Teridax réveilla Jaller, et lui parla brièvement, mais le Toa oublia par la suite. Jaller réveilla hâtivement ses coéquipiers de leur paralysie et Hahli et Jaller utilisèrent leur pouvoirs pour garder les Visorak à distance. À ce moment précis, le volcan gronda, annonçant l'éruption. Les Toa partirent dans l'eau, Nuparu créant un chemin libre de Visorak avec ses pouvoirs élémentaires. Les Visorak furent tous tués par l'éruption lorsqu'elle eut lieu, mais les trois Toa s'échappèrent.

Tandis que Krika emmenait Gali dans le marais, Pohatu continuait à combattre Gorast. Il avait essayé tout ce qu'il pouvait imaginer, abattre des arbres sur elle, lui tirer des sphères de lumière Midak dessus, lui envoyer des rochers, et des coups super-rapides en utilisant son Kakama Nuva et la vitesse de Photok. Cependant, Gorast semblait toujours aussi en forme, et frappa Pohatu et Photok, les envoyant contre le champ d'énergie du Codrex, qui les assomma après un autre coup de Gorast. Après avoir annoncé l'inévitable victoire du Plan, elle utilisa son Kanohi Felnas pour enlever le contrôle de ses pouvoirs de Pierre à Pohatu. Après cela, elle s'éloigna de la pile de roche qui grandissait.

Dans le Puit, Hydraxon reçut un message d'Helryx l'informant de la situation actuelle et lui donnant des ordres qu'il montra à Lesovikk. Ensuite, Hydraxonn descendit aux cellules des Barraki, et les informa du marché offert par l'Ordre de Mata Nui : leur liberté contre leur aide dans le combat contre les Makuta. Les Barraki acceptèrent, et dès que Pridak fut libéré, il mena ses forces contre une des forteresses de la Confrérie. En explorant les niveaux inférieurs, Pridak trouva une pièce dont les murs détaillaient le plan des Makuta, mais les murs avaient été mis en pièces. Ensuite, Pridak commença à réassembler les morceaux.

Vamprah avait prouvé qu'il était plus un défi pour Tahu que le Toa ne l'avait cru, et le pouvoir de résistance à la chaleur du Makuta ne l'aidait pas. Cependant, une idée lui vînt à l'esprit en voyant quelques plantes pourrissantes sur un îlot de boue, et il se souvînt de quelque chose que Turaga Matau avait dit sur les plantes du Marais Fau. Le Turaga de l'Air avait dit que les plantes étaient plus organiques et se cassaient plus rapidement que le Protodermis. Quand Vamprah vola au-dessus des plantes, Tahu jeta une boule de feu sur celles-ci, causant une explosion à cause du gaz issu des plantes. Quand Tahu regarda de nouveau, Vamprah était aggrippé à un arbre pour rester hors de l'eau remplie de mutagène.

Sur Nynrah, Helryx errait d'armure Rahkshi en armure Rahkshi avec son nouvel allié Keetongu. Elle utilisa son masque pour découvrir une nouvelle source de Protodermis Énergisé. Ils avaient détruit celles-ci pour empêcher les Makuta de créer d'autres Rahkshi. Keetongu et Helryx partirent sur une nouvelle île qui avait une source de Protodermis Énergisé, et celui-ci se manifesta en prenant une forme physique et se présenta. Quand Helryx parla de leur mission de détruire les sources de Protodermis Énergisé, l'Entité se moqua et leur envoya une vague. Cependant, un portail créé par Vezon apparut, et ils sautèrent dedans, alors que Vezon était frappé par la vague et fusionné à l'Olmak.

Sur un bout de terre dans le marais, Krika parla avec Gali, la Toa de l'Eau étant toujours étourdie par l'attaque du Makuta. Il lui dit que la Confrérie des Makuta défendait autrefois une noble cause, sous la gouvernance de Makuta Miserix, mais que la jalousie de Mata Nui et la précipitation de Teridax les avaient détournés de Miserix, et ils commencèrent à travailler pour le Plan. Krika l'informa que Teridax voulait que Miserix soit tué, et avait demandé à Krika et Spiriah de le faire, mais Krika avait choisi de l'emprisonner sur Artidax, une île volcanique au sud de l'univers. Tandis que Krika continuait, Gali pensa que l'île où Tahu et Kopaka avaient été arrêté les éruptions volcaniques était peut-être cette île. Ensuite, Krika lui donna une Tablette de Transit de la Confrérie, et lui dit de partir de Karda Nui avant qu'ils ne puissent éveiller Mata Nui. Quand Gali lui demanda pourquoi il faisait cela, il lui parla d'une superstition des Makuta selon laquelle tout ce qu'ils avaient fait pendant leur vie leur revenait lors de leur mort, et qu'il aimait bien mettre un peu de pitié là où les autres Makuta ne mettaient que de la peine et de la douleur.

Sous le Colisée, les Toa Hagah marchaient dans un tunnel. Ils découvrirent un mur couvert d'inscriptions anciennes, dont Bomonga ne put traduire que deux mots 'Bara Magna', qu'aucun d'entre eux ne reconnurent. Quelques moments plus tard, les six Toa furent collés magnétiquement aux murs alors que du Protodermis en fusion se ruait vers eux. Les Toa auraient du mourir, mais Miserix arracha un mur et téléporta les Toa en haut, où il se trouvait. Norik expliqua brièvement leur histoire et les Toa demandèrent à leur tour qui était Miserix et pourquoi était-il ici. Ensuite, Miserix frappa Pouks qui essayait d'imiter les pouvoirs du Makuta avec son masque. Juste à ce moment, Helryx et Keetongu sortirent d'un portail, qui rétrécit puis s'agrandit brusquement pour laisser passer Axonn et Brutaka. Axonn expliqua brièvement ce qui venait de se passer. Tandis qu'Iruini parlait, une boule d'énergie détruisit le masque de Brutaka, et la voix de Teridax se fit entendre. Ensuite, il tua Zaktan.

Icarax, encore gardé par l'Ignika, envoya télépathiquement un message à Vultraz. Vultraz arriva peu après, discrétement suivi par Mazeka. Quand il se rendit compte que Mazeka se trouvait ici, il chargea son ancien ennemi. Tandis qu'ils s'attaquaient, un portail s'ouvrit entre eux, et tous deux y entrèrent.

Pohatu et Photok étaient toujours enterrés sous les débris. Photok essaya de s'échapper avec une sphère de lumière, mais il ne réussit pas à casser toute la roche. Une fois que Photok eut réveillé Pohatu, ils commencèrent à discuter des différents moyens de s'évader. Photok suggéra d'utiliser son Kakama Nuva pour traverser la pierre, mais Pohatu rejeta ce plan, car ils seraient sans doute mutés par les eaux du marais en sortant. À la place, Pohatu commença son propre plan, utilisant ses pouvoirs de pierre réequilibrés pour faire fusionner la pile de rochers et la faire monter à la surface du marais. Ensuite, Pohatu coupa la roche en deux, et s'enfuit avec Photok.

Volant toujours vers le Codrex, Photok et Pohatu furent rejoints par Tahu. Pohatu demanda rapidement au Toa du Feu s'il avait vu Gali, mais ce n'était pas le cas. Pohatu expliqua alors à son chef ce qui lui était arrivé. Inquiet pour la Toa de l'Eau, Tahu ordonna à Pohatu de trouver Gali, pendant qu'il allait aider les autres dans leur combat, afin qu'ils puissent les rejoindre plus tard.

Au-dessus de l'endroit où se trouvaient les Toa Hagah, Hewkii et Kongu se réveillaient, sans armes. Johmak leur parla et expliqua qu'ils avaient besoin que les Toa Mahri ne soient pas sur leur chemin pour ne pas interférer avec leurs plans de fortification de Metru Nui, qu'elle montra aux Toa par une fenêtre. L'Ordre de Mata Nui leur expliqua la situation actuelle et que la Confrérie des Makuta allait attaquer comme si des Virus destructeurs de Protoacier avaient été créés dans cette cité. Ensuite, Hewkii et Kongu se joignirent à la bataille imminente. Dans le même temps, Voporak vainquit de nombreux Ta-Matoran et un guerrier à quatre bras avant de voler le Vahi devant les yeux de Vakama.

Dans le village des Av-Matoran, Toa Ignika gardait toujours son prisonnier, Makuta Icarax. Le Makuta se moqua de l'Ignika, considérant que faire preuve de pitié envers ses ennemis était une preuve de faiblesse. Cependant, ses moqueries furent vaines, l'Ignika n'étant pas conscient du Code Toa et n'ayant laissé la vie à Icarax uniquement parce qu'il ne voyait aucune raison de tuer un ennemi qui n'était plus une menace. Tandis qu'il se moquait de l'Ignika, Icarax se rendit compte que l'Ignika ne savait pas qu'il avait été conçu avec un compte à rebours qui signalait le temps restant avant que le masque absorbe toute la vie de l'univers. Après qu'Icarax ait averti l'Ignika que le compte à rebours s'achèverait quand il serait entièrement noir, l'Ignika oublia complétement son prisonnier et se précipita dans le marais pour avertir les Toa Nuva.

Gali allait demander quelque chose à Krika, mais Takanuva, qui venait d'arriver à Karda Nui par un portail dimensionnel, tira une boule de lumière qui força Krika à battre en retraite, avec une expression presque résignée sur son visage. Gali reconnut Takanuva et commença à lui poser des questions, mais le Toa de la Lumière lui expliqua qu'il expliquerait plus tard pourquoi il avait changé d'apparence et comment il était arrivé à Karda Nui, mais qu'ils devaient trouver les autres. Avant qu'ils ne partent, Takanuva prit la petite horloge solaire qu'il portait, et émit de la lumière sur lui, créant un rayon pointant vers une direction. Il expliqua son utilité à Gali, disant que s'il émettait de la lumière dessus, l'ombre indiquerait l'endroit où Mata Nui pourrait être éveillé. Ensuite, les deux Toa remarquèrent Pohatu qui volait en l'air. Takanuva sentit le besoin d'attaquer le Toa qu'il ne reconnaissait pas, mais Gali le rassura. Après que le Toa de la Pierre se soit joint à eux, Gali et Pohatu expliquèrent que les Makuta avaient transformé des douzaines d'Av-Matoran en Matoran de l'Ombre, et Takanuva jura que les Matoran seraient guéris.

Cependant, alors qu'ils volaient, des Niazesk les remarquèrent et les attaquèrent. Les Rahi esquivèrent l'attaque de pierre de Pohatu, et l'un d'entre eux fut noyé par l'attaque d'eau de Gali, mais les autres continuèrent à s'approcher. Takanuva se préparait à leur envoyer de la Lumière mais inquiets que ses amis puissent être blessés par les Rahi, décida d'utiliser son pouvoir d'Ombre. Il les vainquit avec une boule d'Ombre, mais Pohatu se mit à croire que Takanuva était Makuta Teridax. Le Toa de Pierre se prépara à attaquer Takanuva avec son Fusil des Cieux Midak, donnant dix secondes au Toa pour se justifier. Le Toa désespéré interrompit Pohatu en citant les premiers mots de Pohatu en se réveillant sur Daxia : « Qu'est-ce qu'un Toa ? » Frappé par une idée, Takanuva se tourna vers Gali et suggéra qu'elle lise son esprit pour voir s'il disait la vérité. Malgré les objections de Pohatu, Gali créa un lien mental et apprit les aventures de Takanuva en allant à Karda Nui, vérifiant son identité. Rassuré, le Toa de la Pierre continua à informer Takanuva sur la situation tandis que le groupe s'envolait vers les autres Toa Nuva.

Sur Xia, Kalmah, Mantax, et Ehlek arrivèrent pour parler avec le Ténébreux. Kalmah souligna une possible alliance entre Chasseurs de l'Ombre et Barraki, basée sur une assistance mutuelle et les virus que le Ténébreux avait découvert. Le Ténébreux accepta à condition que lui et Pridak se rencontrent à Karzahni pour conclure le marché.

Pendant ce temps, malgré les mauvaises conditions pour travailler dont il se plaignait, Mutran créa un Klakk, et le montra à Vican. C'est alors qu'il s'échappa, et envoya une attaque sonique sur le Matoran, assommant Vican brièvement. Lorsqu'il se réveilla, Vican se sentit étrange, mais Mutran l'envoya le récupérer avant que Vican ne puisse se rendre compte qu'il était redevenu un Le-Matoran. Comprenant cela, le Matoran courut trouver un Toa, Mutran ne s'étant pas rendu compte de ce qu'il s'était passé.

Gali, Takanuva, et Pohatu arrivèrent là où Toa et Makuta se combattaient. Là, Takanuva essaya de prévenir le groupe des tempêtes qui allaient faire rage, mais Tahu ordonna au groupe de continuer à se battre. Les pouvoirs de Takanuva brisèrent l'équilibre du combat, forçant les Makuta à battre en retraite.

Ensuite, Tahu montra les Pierres-Clés aux six autres Toa et les Toa commencèrent à lire les bouts de la pierre. À ce moment, le Toa Ignika arriva et dit aux Toa, utilisant le nouveau savoir qu'il venait d'acquérir, la parole, qu'il ne portait pas simplement le Masque de Vie, mais était l'Ignika et qu'apparemment, il était en train de faire un compte à rebours pour détruire l'univers. Ensuite Takanuva révéla que dès que les Toa Nuva réveilleraient Mata Nui, une Tempête d'Énergie ravagerait Karda Nui. Cependant, Tahu dit qu'ils devraient aller dans le Codrex, l'endroit où Mata Nui devait être réveillé, le réveiller, puis s'en aller de Karda Nui très rapidement. Ensuite, les Toa retournèrent combattre. Gali et Lewa créèrent une tempête orageuse pendant que Takanuva frappait avec sa Lance de Puissance, distrayant efficacement les Makuta. En se battant sans relâche, les Toa réussirent à atteindre le Codrex.

Tahu réussit à mettre les Pierres-Clés dans une niche dans le champ de force qui entourait le Codrex pendant que les autres étaient occupés à se battre. Les Toa entrèrent alors à l'intérieur et Tahu récupéra les Pierres-Clés, pour éviter qu'ils ne soient suivis. Cependant, invisible, Antroz réussit à s'inflitrer derrière les Toa et à les suivre de voix. À l'intérieur de la structure, Onua frappa accidentellement un bouton qui fit descendre le sol. Là, les Toa découvrirent six Pierres à Lumière géantes et six chemins menant dans six directions différentes. À la fin des leurs, Lewa, Pohatu, et Kopaka découvrirent trois véhicules, l'Axalara T9, le Rockoh T3, et le Jetrax T6.

Sous le Colisée, Miserix cria à Teridax de se montrer pour décider qui dirigerait la Confrérie, mais Teridax lui répondit que la Confrérie n'existait plus, la plupart de ses membres étant morts ou sur le point de mourrir. Après un autre bref échange, Teridax attaqua le groupe avec une puissante vibration sonore qui augmenta jusqu'à atteindre un volume insupportable, jusqu'à ce que Brutaka envoie une machine sur le mur opposé, arrêtant l'attaque. Brutaka parla à Teridax et Miserix se déchaîna sur les machines, comprenant que Teridax se trouvait à l'intérieur. Brutaka mit le Makuta au sol et expliqua qu'ils étaient près de l'esprit de Mata Nui et que si les machines étaient détruites, son esprit serait détruit, et l'univers maudit. Il expliqua que le corps de Mata Nui était l'Univers Matoran et que, quand Mata Nui serait réveillé, Teridax, possédant son corps, serait libre de faire tout ce qu'il voudrait dans l'univers.

Pendant ce temps, les Makuta se trouvaient toujours à l'extérieur du Codrex. Icarax les rejoignit et convainquit Krika d'abattre le bouclier. Utilisant sa forme intangible, Krika le traversa, et fut renvoyé de l'autre côté du marais, étourdi par l'explosion du bouclier qui s'était abaissé. Ensuite, Icarax commença à détruire le Codrex. À l'intérieur du Codrex, Pohatu et Lewa montèrent sur leurs véhicules respectifs pour combattre cette nouvelle menace. Cependant, avant que Kopaka ne puisse monter sur le Jetrax, Antroz vola le véhicule, et découvrit qu'il pouvait lui servir d'yeux. En sortant hors de la pièce, le Jetrax frappa une Pierre à Lumière, devenant super-chargé. Pohatu, à bord du Rockoh T3, et Lewa, sur l'Axalara T9, poursuivirent Antroz dans un labyrinthe de tunnels. Takanuva partit pour essayer de guérir les Matoran de l'Ombre, pendant qu'Onua, Gali, Tahu, et l'Ignika essayaient de comprendre coment éveiller Mata Nui.

Antroz volait hors du Codrex quand Radiak lui demanda de l'aider. Antroz lui répondit en disant qu'il n'avait plus besoin de lui, et s'envola vers le marais. Kopaka se trouvait là, et attrapa le Matoran de l'Ombre. Takanuva lui dit de lui donner Radiak tandis que Kopaka allait aider Lewa et Pohatu. Photok, Tanma, et Solek ayant échappé de justesse à la bataille Av-Matoran/Matoran de l'Ombre, firent équipe avec Takanuva. Ensuite, ils rencontrèrent Vican, qui leur raconta ce qui lui était arrivé. Au début, les Av-Matoran ne le crurent pas, contrairement à Takanuva, qui les laissa les mener au Rahi.

Dans le Codrex, Tahu, Gali, et Onua continuaient à s'inquiéter de la manière par laquelle éveiller Mata Nui, car le processus détaillé dans les Pierres-Clés, envoyer progressivement de l'énergie pour éveiller le Grand Esprit, prendrait trop de temps. Ensuite, les trois Toa Nuva se rendirent compte que l'Ignika pouvait éveiller le Grand Esprit. Tahu le dit à l'Ignika, mais, choqué, l'Ignika essaya de tuer Tahu. L'Ignika avait toujours voulu être un héros, et les Toa voulaient qu'il se sacrifie. Tahu se libéra, mais l'Ignika, en colère, se dirigea de nouveau vers lui. Cependant, Gali lui parla de l'héroïsme, citant le courage de Matoro, et l'Ignika décidant de se sacrifier, imitant Matoro.

Les Makuta furent attirés par le bruit du métal qui cassait, et Gorast, Gavla, et Vamprah furent envoyés en chercher la source. Ils furent surpris de découvrir qu'Icarax était en train de détruire le Codrex, et commencèrent à l'attaquer. Au début, cependant, Icarax fit tomber Gavla de Vamprah, puis défia Gorast. Cela donna à Gorast une chance de déchiqueter l'armure d'Icarax, pensant que son Antidermis fuirait. Mais Icarax l'informa qu'il était désormais entièrement organique. Un grand combat entre eux s'ensuivit.

Au-dessus, une bataille aérienne avait lieu. Lewa essaya de faire tomber le Jetrax, mais échoua. Pohatu poursuivit le Makuta et utilisa son pouvoir de Pierre pour essayer de l'arrêter, mais Antroz réussit à toucher le Rockoh. Ensuite, Lewa arriva, et déclara qu'un seul d'entre eux survivrait à ce combat. Antroz se moqua du Toa. Cependant, le Rockoh récupéra rapidement, et tous deux chargèrent le Jetrax, souhaitant l'écraser. Pour augmenter l'efficacité de l'attaque, Kopaka abaissa la température du Jetrax, forçant ses moteurs à s'arrêter et Antroz à sauter hors du véhicule. Mais avant que l'Axalara et le Rockoh n'entrent en collision avec le Jetrax, Kopaka créa des murs de glace pour les protéger. Ensuite, il grimpa dans le Jetrax.

Pendant que Mutran attendait Vican, Antroz apparut et lui dit de trouver un Matoran de l'Ombre pour l'aider et d'aller aider Gorast. Mutran dit à un Matoran de l'Ombre d'aider Antroz, puis s'approcha de Gorast. Elle lui dit d'attaquer mentalementIcarax pour le distraire pendant qu'elle envoyait un message à Vamprah. Mutran envoya un message sans aucun sens, pendant que Gorast envoyait son plan à Vamprah (qui avait récupéré Gavla). Ensuite, Gorast annonça à Icarax que Mata Nui allait être éveillé, et Icarax se téléporta pour arrêter les Toa. Mais Gorast utilisa son Felnas pour qu'il perde le contrôle de son pouvoir et Vamprah utiliser son cri sonore pour disperser les atomes d'Icarax dans tout l'univers.

Sous le Colisée, Miserix reprit son attaque des machines, ne souhaitant que se venger de Teridax. Comme ni les Toa Hagah, ni Axonn, ni Keetongu ne réussirent à l'arrêter, Teridax enferma l'autre Makuta dans un portrait de lui-même. Ensuite, il plaça les Toa Hagah dans une illusion où ils avaient vaincu Teridax et la paix régnait. Teridax finit par téléporter Brutaka, Axonn, et Keetongu dans les dangereuses îles du sud. Il garda Helryx pour qu'elle soit son 'amie', celle à qui il raconterait ses pensées et ses souhaits, tant que la Toa de l'Eau resterait saine d'esprit. Helryx jura qu'elle n'abandonnerait pas et continuerait à résister à Teridax et à aider les autres ce faisant.

Pendant ce temps, Takanuva et les Matoran qui l'accompagnait trouvèrent un Klakk. Radiak, le remarquant, lui lança une boule d'ombre. Bien qu'il l'ait manqué, la créature fut provoquée et émit un cri qui assomma Radiak et le re-transforma en Av-Matoran. Tanma était sceptique malgré le comportement de Radiak, mais quand ils l'interrogèrent, Radiak leur dit que les Makuta voulaient que Mata Nui soit réveillé, puis tuer les Toa Nuva et convertir les Av-Matoran restants aux ténèbres. Takanuva dit aux Matoran de rassembler les Matoran de l'Ombre, de les guérir, puis de quitter Karda Nui, à cause de la tempête imminente. Vican, Tanma, Photok, Solek, et Radiak partirent. Mais Krika entendit cela, et alla le dire aux autres Makuta.

Peu après que les Matoran l'aient quitté, Takanuva fut attaqué par des boules d'Ombre de Chirox et Bitil, qui utilisa son masque pour créer six versions de lui-même. Le Toa de la Lumière attaqua furieusement Chirox, utilisant son pouvoir de lumière pour créer un trou dans l'armure du Makuta, ne remarquant pas qu'une des copies de Bitil allait le frapper. Kopaka, sur le Jetrax, attaqua Bitil avec des attaques d'énergie, lui faisant perdre sa concentration et les copies disparurent. Takanuva, cependant, s'abandonna à la rage de la bataille et à son côté obscur, continuer de chercher à se venger de Chirox, faisant tomber Kirop de son dos. Énervé par cela, Kopaka rattrapa Kirop, et arrêta Takanuva, réussissant à calmer son frère Toa. Takanuva informa Kopaka de ce que Radiak lui avait dit, et le Toa de la Glace partit en informer les autres Toa.

À l'intérieur du Codrex, Onua partit rejoindre ses frères Toa à l'extérieur. Après que le Toa de la Terre soit parti, Tahu confessa comment il s'était joué des autres pour qu'ils aillent dans les canisters il y a de cela des milliers d'années, ayant retrouvé la mémoire, et plaignant Gali qui avait oublié. Les Toa se posèrent la question de comment s'échapper quand commenceraient les Tempêtes d'Énergie. Ensuite, ils se rappellèrent qu'ils pouvaient quitter Karda Nui en utilisant les véhicules. Tahu vola pour combattre les Makuta, tandis que l'Ignika se préparait à se sacrifier.

Tous les Matoran récupérèrent leur lumière. La seule qui restait était Gavla. L'attrappant et la mettant sur le chemin du Klakk, Takanuva lui rendit sa normalité. Cependant, Gavla aurait souhaité rester un Matoran de l'Ombre, se sentait plus chez elle avec les Makuta qu'avec ses frères Matoran. Elle alla tout de même avec les autres Matoran, et partit par un portail vers Metru Nui.

Pendant ce temps, Krika essayait d'avertir les autres Makuta de la tempête imminente. Mais avant que Tahu ne puisse le sauver ou que les Makuta ne puissent entendre ce qu'il disait, Gorast utilisa son Felnas pour que son pouvoir d'intangibilité devienne incontrôlable. Il fut détruit instantanément par ses pouvoirs.

Pendant ce temps, à Metru Nui, une grande bataille avait lieu entre la Confrérie et l'Ordre de Mata Nui, allié aux deux Toa Mahri qui se trouvaient là, Kongu et Hewkii. Les guerriers de l'Ordre défendaient les murs de la ville des attaques des Rahkshi, et tiraient sur les vaisseaux de la Confrérie. Quand Jaller, Nuparu, et Hahli finirent par revenir d'Artidax, ils allèrent voir Vakama qui s'occupait des barricades et il leur dit comment la bataille avait commencé et comment elle évoluait. Suivant l'avis de Vakama, Hahli trouva Krakua et lui dit d'émettre sur différentes fréquences, jusqu'à ce qu'il trouve celle qui éveille les Bohrok situés dans les Archives. Le Toa du Son s'éxecuta, et les Bohrok combattirent les Rahkshi pour essayer d'atteindre l'île de Mata Nui.

À l'intérieur du Codrex, le Toa Ignika se sacrifia, canalisant son énergie dans le Grand Esprit. Frappée par un éclair, Gali y assista, et vit quelque chose sortir du masque, bien qu'elle ne sache pas ce que s'était, ni ne pouvait l'arrêter. À l'extérieur, les très puissantes tempêtes d'énergie commencèrent. Les Makuta se rendirent compte que Teridax les avait trahis et essayèrent sans succès de s'échapper, à l'exception de Gorast qui fut étourdie et devînt folle à cause de la trahison. Les Toa Nuva grimpèrent sur les véhicules et sortirent des grottes aussi vite que possible, pendant que tous les Makuta étaient tués par les tempêtes. Les Toa montèrent à Metru Nui, et aidèrent dans la bataille contre les forces de la Confrérie. Les défenseurs de Metru Nui, enthousiasmé par cela, réussirent à vaincre les envahisseurs, la plupart étant sérieusement blessés ou morts.

Le peuple se rassembla au Colisée pour célébrer la victoire et Turaga Dume fit un discours. Cependant, les célébrations furent interrompues quand Teridax révéla qu'il avait pris le contrôle du corps de Mata Nui, et donc de l'Univers Matoran dans son entier. De plus, il piégea l'esprit de Mata Nui dans l'Ignika, et bannit le Kanohi dans l'espace extérieur. Rapidement, Tahu fut blessé, et Gali disparut. Onua suggéra qu'ils se regroupent au plus profond des Archives, car un grand groupe de Rahkshi pourchassait les Toa Nuva.

Plus tard, Kopaka et Lewa trouvèrent Gali, et, avec un grand nombre de Matoran, ils se réfugièrent dans une pièce souterraine. Les Turaga cherchèrent dans les Archives et trouvèrent Krahka pour les aider à s'échapper de Metru Nui. Elle les aida, et le groupe s'enfuit à Stelt. Là, ils rencontrèrent le membre de l'Ordre de Mata Nui Trinuma. Ensuite, Tahu arriva avec un plan contre Teridax, sachant que s'il échouait, l'univers subirait à jamais le règne des ombres.